Analyse d’identification
Si vous souhaitez seulement connaître la liste des protéines contenus dans vos échantillons. Nous vous fournirons un fichier. sf3 que vous pourrez ouvrir après avoir téléchargé le logiciel Scaffold. Lire les consignes dans la section « Comment installer Scaffold pour la visualisation des résultats d’identification? » .
Grâce à Scaffold, vous pourrez visualiser la liste des protéines obtenues pour chaque échantillon ainsi que le nombre de peptide identifiés pour chaque protéine. Une valeur de comptage spectral semi-quantitative est également disponible.
La liste de protéines peut également être exportée au format Excel.
Analyse d’identification et de quantification
Nous fournissons 2 fichiers :
- Un tableau complet sous format Excel contenant la liste des protéines identifiées ainsi que leur quantification dans chaque échantillon. Le tableau contient également, pour chaque protéine les ratios et valeurs statistiques (p-value/q-value) de comparaison entre les différents groupes.
- Un rapport complet de l’expérience ainsi que des graphiques permettant de comprendre les résultats : PCA, heatmap, Volcano plots, etc.
Un exemple de rapport est disponible ici (format Excel) et ici (format html).
Il est à noter que pour les analyses quantification, nous demandons un minimum de 3 réplicats biologiques pour chaque groupe/condition afin de nous permettre d’effectuer des tests statistiques et identifier les protéines régulées entre les différents groupes.
Selon la variabilité entre vos échantillons il pourrait être nécessaire d’analyser plus de réplicats : nous consulter.
Analyse de protéomique ciblée
Nous pouvons suivre et quantifier jusqu’à une centaine de protéines d’intérêt dans une seule analyse.
Vous obtiendrez un tableau Excel présentant la valeur de quantification de chaque protéine dans chaque échantillon ainsi que les ratios et valeurs statistiques (p-value/q-value) de comparaison entre les différents groupes.
Analyse de modification post-traductionnelles (PTM)
Pour chaque type d’analyse (identification, quantification ou ciblée), il est possible de rechercher certaines modifications post-traductionnelles.
Dans ce cas, nous fournirons, en plus des résultats habituels, la liste des peptides portant une modification ainsi que leur quantification dans le cas des analyses quantitatives ou ciblées.
Autres analyses bio-informatiques
Pour les analyses de protéomique globale (identification ou quantification), il est possible d’effectuer des analyses bioinformatique plus poussées des résultats obtenus : analyses fonctionnelles (Gene Ontology), analyse mul-omiques, recherche de signature/classification par intelligence artificielle.
Pour ces analyses, nous collaborons étroitement avec la plateforme de bioinformatique du Centre de Génomique de Québec.
Nous consulter pour plus de détails.
Contrôles qualité
Nous utilisons plusieurs standards de qualité pour nous assurer que vos échantillons sont analysés dans les meilleures conditions par nos spectromètres de masse.
Par ailleurs, sauf dans quelques cas particuliers, nous nous assurons d’analyser au maximum, la moitié de l’échantillon disponible afin de nous permettre une réinjection en cas de problème technique.
Fichiers bruts
Sur demande, nous pouvons vous fournir une copie des fichiers bruts (.raw) produits par le spectromètre de masse (peuvent être lus avec le logiciel constructeur seulement) ainsi que les fichiers de sortie des logiciels.
Nous pouvons également vous assister pour la soumission de vos fichiers sur le répertoire de données public ProteomeXchange en vue de les rendre disponibles pour la communauté (requis par certains journaux scientifiques).
IMPORTANT : Veuillez noter que nous garantissons la conservation de vos fichiers sur nos serveurs pour une durée de 3 ans après analyse.