Analyse d’images à haut débit

La location d’équipement se fait via l’adresse courriel de la plateforme pour : 

• le numériseur de lames (local T2-63) 
• le microscope confocal (local T2-63) 
• pour formation sur un équipement 
• les autres équipements à réserver ne peuvent pas être utilisés seul. 

NOTE : la réservation du numériseur est gérée au moyen d’une file d’attente et nous vous prévenons lorsque l’appareil est disponible. 

Pour votre réservation, veuillez fournir les informations suivantes par courriel: 

• vos nom et prénom, 
• le nom complet de votre laboratoire, 
• le formulaire rempli si applicable, 
• votre code budgétaire (obligatoire si vous en possédez un); vous pouvez demander l’ouverture d’un compte de transit CHUQ pour faciliter la procédure de paiement.

La plateforme est disponible pour tous les laboratoires publics et privés. Il suffit de contacter la plateforme et il vous sera indiqué comment procéder.

La facturation est fondée sur le temps nécessaire à l’instrument pour acquérir les images des lames de microscopie. Du temps supplémentaire non facturé est automatiquement inclus dans le créneau horaire attribué à l’utilisateur pour préparer la session de numérisation. 

Veuillez renseigner les paramètres suivants et transmettre l’information par courriel. 

• Type de microscopie (fluorescence=1/fond clair=0) : 
• Épaisseur du tissu* (µm) : 
• Type de lame (simple=1/double=2) : 
• Nombre(s) de lames à passer : 
• Nombre de plans, z = 
• Canal** 1 (longueur d’onde λ en nm ou nom du fluorophore) : 
• Canal 2 (λ) : 
• Canal 3 (λ) : 
• Canal 4 (λ) : 
• Grossissement souhaité (5,10,20 ou 40) : 
• Pourcentage moyen de recouvrement de la lamelle par les tissus (surface moyenne des tissus à imager / surface utile de la lame × 100) : 
• Code budget du laboratoire*** : 

En retour, un temps d’utilisation pour votre expérience vous sera alloué et un prix vous sera proposé (le prix est calculé à partir de tous les paramètres; il appartient à l’utilisateur de tous les fournir). 

* À fournir obligatoirement si l’utilisateur n’effectue pas lui-même l’expérience 

** Le renseignement des canaux concerne seulement la microscopie de fluorescence 

*** Pour les laboratoires possédant un code de budget

• L’utilisation autonome des équipements pour l’acquisition de données de cette plateforme nécessite une formation qui encadre les règles d’usage.
• L’accréditation qui en découle est individuelle et non transférable. 
• Un équipement doit être réservé à l’avance. 
• Certains équipements peuvent requérir des accès qui seront fournis. Les moyens d’accès doivent être conservés aux endroits indiqués et ne pas être divulgués. 
• Nous vous recommandons de réserver le temps dont vous avez besoin car le temps que vous ne consommez pas pourrait vous être facturé (en particulier en période de forte demande). 
• Les périodes unitaires de réservation ne sont pas divisibles (voir la grille des tarifs). 
• Le dépassement d’une période établie de réservation peut donner lieu à un coût supplémentaire. 
• Les données d’acquisition produites par notre plateforme ou fournies par vous ne seront pas conservées sur nos serveurs à la fin du service. Prévoyez l’espace de stockage suffisant avant la fin du service. 

En cas d’incident technique, cessez vos opérations sur l’instrument et avisez sans délai le responsable de la plateforme.  

L’analyse des images de toute taille générées par les instruments des laboratoires de recherche est notre spécialité.

Nous invitons le chercheur à suivre les étapes 1 à 8 :  

1. Nous consulter idéalement avant de commencer l’expérience; nous pourrons établir les instructions (fortement) recommandées à insérer dans votre protocole expérimental.  
2. Réaliser l’acquisition de vos images (par nos soins ou les vôtres). 
3. Formater les images (par nous ou par vous) selon un protocole précis.* 
4. Nous mandater pour l’écriture/la modification d’un algorithme spécifique à vos besoins en analyse d’images s’il n’est pas répertorié dans notre banque d’algorithmes.** 
5. Vous présenter une analyse pilote sur un échantillon de vos images (10 à 30) OU effectuer une configuration express des paramètres de l’algorithme. 
6. Exécuter les analyses systématiques / par apprentissage machine sur nos installations et générer la visualisation graphique des résultats statistiques. 
7. Discuter l’ensemble des résultats et éventuellement, vous proposer la reprise des analyses selon une méthode ajustée ou une toute autre méthode d’analyse. 
8. Obtenir la validation scientifique de l’analyse de vos données. 

* L’analyse requiert une organisation précise des images. Une bonne préparation diminue les erreurs et les coûts.  

** L’étape 4 n’est pas requise pour effectuer une analyse de routine. 

Les images sont produites par un instrument qui enregistre également des métadonnées : assurez-vous qu’elles sont préservées si vous décidez de convertir les fichiers. Leur absence engendre une perte d’informations vitales pour les analyses. 

• Le nom des fichiers DOIT contenir toutes les informations requises par l’analyse et qui ne sont pas présentes dans les métadonnées, c’est à dire l’information du design expérimental. 
• L’association de plusieurs tissus sur une même lame est possible. Cependant, le choix des tissus mis en association DOIT être cohérent avec le nom du fichier. 
• Certains instruments ne rapportent pas, dans les métadonnées, les coordonnées de chaque tissu sur la lame. Il est conseillé de produire un fichier pour chaque tissu d’une même lame afin d’éviter un surcoût d’analyse conséquent. C’est particulièrement le cas lorsque les tissus sont fragmentés et difficiles à individualiser par un programme. 
• Lorsque l’instrument rapporte les coordonnées des tissus dans chaque fichier, il est conseillé de disposer les tissus sur chaque lame selon un ordre fixe. Si possible, organisez les tissus, par sujet, en lignes ou colonnes le long de la lame. 

Nous demandons l’utilisation des règles ci-dessous et illustrées par cet exemple de nom de fichier : 

2022-05-29_1234_Male!Diphtheria!DrugA(7.85mg)_H&E!DAB_BF_20X_CancerTreatmentProject.ext 

Ce nom de fichier est constitué de 7 champs séparés par « _ » et se termine par l’extension de fichier (czi, ndpi, tif, …) : 

• la date en format YYYY-MM-DD, 
• l’identité de l’échantillon (numéro du sujet par exemple), 
• la valeur des facteurs de l’expérience séparés par « ! » et énumérés dans un ordre fixe, 
• en fond clair, les noms des marqueurs séparés par « ! » et énumérés dans un ordre fixe 
• le type de luminescence (« BF » ou « FL »), [optionnel] 
• le grossissement, [optionnel] 
• les commentaires. [optionnel] 

Le caractère « _  » n’est pas utilisé dans la description des champs (=interdit). L’utilisation d’espaces et de la virgule est déconseillée. 

La structure des noms doit être constante pour l’ensemble des fichiers et l’exactitude de l’information est laissée sous votre responsabilité.