Dans les cas où l’on s’intéresse à un nombre restreint de protéines au sein de protéomes complexes, il est possible d’effectuer une analyse ciblée de celles-ci. Nous utilisons pour cela la méthode PRM (Parallel reaction Monitoring) basée sur la spectrométrie de masse à haute résolution qui réduit le risque d’interférences. Lors de cette analyse, le spectromètre de masse filtre spécifiquement les peptides correspondant aux protéines d’intérêts et les fragmente pour obtenir des spectres de type MS2. Les fragments les plus intenses de chaque spectre sont extraits pour reconstituer le pic d’élution du peptide correspondant et en obtenir la quantification par intégration de l’aire sous le pic.
Une centaine de protéines peuvent être suivie simultanément dans une seule analyse.
Cette méthode permet notamment de valider des biomarqueurs potentiels identifiés lors d’analyse protéomiques globales. Elle est également une alternative au western-blot lors que des anticorps ne sont pas disponibles ou lorsqu’un grand nombre d’échantillons sont à analyser.
La normalisation du signal se fait par ajout d’un standard interne (digestat de cytochrome C) ou peptides synthétiques marqués isotopiquement.
L’utilisation de peptides synthétiques de haute pureté peut également permettre d’obtenir une quantification absolue de la protéine dans l’échantillon (µg/mL) et pas seulement une quantification relative entre plusieurs échantillons.