Extraction 

Tous les types d’échantillons biologiques sont analysables par spectrométrie de masse à condition de pouvoir en extraire les protéines qu’ils contiennent. 

Notre personnel est expert dans l’extraction des protéines à partir d’une grande variété d’échantillons (tissus, cellules, fluides biologiques, milieux de culture…) et d’organismes (humain, mammifères, plantes, microorganismes…).  

Nous utilisons des méthodes d’extraction mécanique (broyage, sonication, ‘bead beating’,…) ou chimique (détergents, solvants…). 

Nous adaptons nos protocoles à votre projet. 

Après l’extraction, les protéines sont dénaturées, en général par chauffage et nous procédons également à la réduction et à l’alkylation des ponts dissulfures afin de ‘dérouler’ entièrement les protéines.  

Digestion enzymatique 

Le type d’analyse que nous pratiquons est appelée « Protéomique Bottom-Up ». Cette stratégie implique qu’une fois les protéines extraites, elles seront digérées par une enzyme. Les peptides obtenus seront ensuite injectés sur le spectromètre de masse. Dans la majorité des cas, nous utilisons la trypsine qui coupe après les acides aminés basiques (lysine et arginine) et permet ainsi de générer des peptides de bonne taille et facilement ionisables dans la source de l’instrument. 

Il est également possible de digérer directement les protéines présentes dans une bande de gel SDS-PAGE ou fixées sur des billes (immunoprécipitation, pull-down). 

Dosage de protéines ou de peptides 

Afin de vérifier si vos échantillons contiennent suffisamment de protéines pour l’analyse, nous pouvons procéder au dosage de protéines après l’extraction (méthode de Bradford) ou au dosage de peptides après la digestion (dosage nanodrop DO 205nm). Cette étape permet également de normaliser l’analyse par l’injection de quantités identiques des différents échantillons sur le spectromètre de masse. 

Purification de peptides 

Les peptides doivent ensuite être purifiés avant d’être injectés. Nous utilisons pour cela une méthode SPE (Solid Phase Extraction) sur des billes C18 qui retiennent les peptides par hydrophobicité.  

Autres préparations 

Selon le type d’analyse souhaité, il est également possible de procéder à d’autres étapes de préparation d’échantillon :  

  • Concentration par ultrafiltration 
  • Enrichissement de modifications post-traductionnelles (PTMs) 
  • Déglycosylation 
  • Marquage TMT 
  • Fractionnement High pH 
  • Etc.