Les images issues de la microscopie optique et de la microscopie électronique peuvent être utilisées pour reconstruire des objets d’intérêt, que ce soit pour les mettre en valeur dans l’image globale ou pour révéler leur structure tridimensionnelle (3D). En microscopie confocale, la reconstruction 3D permet de visualiser la distribution spatiale des objets d’intérêts et leurs interactions mutuelles. En microscopie électronique, la reconstruction 3D révèle l’ultrastructure spatiale d’organites subcellulaires, en particulier les images obtenues avec un faisceau d’ions focalisés.
La visualisation des objets détectés 2D/3D est insérée dans des canaux supplémentaires du fichier d’origine pour être lue via Imaris, Zeiss ZEN Blue ou ImageJ en formats 2D/5D ims, czi et hyperstack tif sans perte de résolution.