La Plateforme de séquençage de nouvelle génération a été mise en place en 2014, suite à l’acquisition de plusieurs instruments, incluant deux séquenceurs Illumina HiSeq2500 et un séquenceur MiSeq, permettant le séquençage massif en parallèle à très haut débit. Le service de séquençage est très versatile et peut accommoder différents types de projets allant de quelques échantillons à plusieurs milliers par l’utilisation d’index (barcode) pour le multiplexage.
Afin de demeurer à la fine pointe de la technologie, le Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval est heureux d’annoncer l’acquisition du tout dernier séquenceur de la gamme Illumina, le Novaseq 6000. Ce système de séquençage offre une réduction de prix de plus de 50% par Gigabase (Gb) par rapport à un système HiSeq2500 et le rendement de séquençage/runest augmenté de 6 fois. La durée du séquençage est d’environ 40 heures comparée à 6 jours pour le HiSeq 2500.Il supporte un large éventail d’applications de séquençage, dont les analyses de génomes, d’exomes, de panels de gènes ciblés et d’amplicons, de transcriptomes, de métagénomes et d’épigénomes. Saflexibilité sur la capacité de séquençage en terme de longueur des lectures (reads) et débit (différentes flowcellsproduisant entre 800 millions et 10 milliards de lectures) permet d’accommoder des projets de petite envergure en nombre d’échantillons, mais également des projets de grande envergure. Le service sera disponible à partir du mois de mars 2020.
De plus, la Plateforme de séquençage a implémenté la toute dernière technologie10X GemCode de la compagnie 10X Genomics qui utilise un système à base de gouttelettes permettant le codage à barres de centaines de milliers de molécules d’ARN afin d’analyser le transcriptome de cellules individuelles dans une population cellulaires complexes.
En bref :
- Équipée de la plus récente technologie Illumina
- Systèmes automatisés pour la préparation de divers types de librairies
- Personnel hautement qualifié en génomique
Contacts
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Martine Dumont
Martine.Dumont@crchudequebec.ulaval.ca
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Annie-Claude Collin-Deschesnes
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Équipement
- NovaSeq 6000
- HiSeq2500
- MiSeq
- Station automatisée Biomek FXP
- Ultrasonicateur Covaris
- TapeStation (système de contrôle de la qualité)
- Chromium Controller (10X Genomics)