La production de données peut atteindre jusqu’à 20 000 millions (M) de lectures appariées par cycle de séquençage; le NovaSeq 6000 ayant la capacité de faire le séquençage de 2 cellules à flux (flowcells) en même temps. La longueur des lectures peut varier entre 50 et 250 paires de base. Il y a 4 types de flowcell (SP, S1, S2 et S4) ayant des débits de production de données par ligne de séquençage variant de 400 à 2 500 millions de lectures appariées.
| SP | S1 | S2 | S4 | |
| Par ligne | ||||
| Clusters*/ligne – MIN | 325 M | 650 M | 1650 M | 2 000 M |
| Clusters/ligne – MAX** | 400 M | 800 M | 2 000 M | 2 500 M |
| 1X 35 pb | na | na | na | 350 Gb |
| 2X 50 pb | 40 Gb | 80 Gb | 200 Gb | na |
| 2X 100 pb | 80 Gb | 160 Gb | 400 Gb | 500 Gb |
| 2X 150 pb | 120 Gb | 240 Gb | 600 Gb | 750 Gb |
| 2X 250 pb | 200 Gb | na | na | na |
| Par flowcell | ||||
| Nbre de lignes | 2 | 2 | 2 | 4 |
| Total MAX clusters | 800 M | 1 600 M | 4 000 M | 10 000 M |
*Clusters : Nombre de fragments séquencés. Le rendement peut varier.
**Peut varier selon le multiplexage et le type de librairies
| SP | S1 | S2 | S4 | |
| Ex. du nbre d’échantillons par ligne* | ||||
| mARN (20M 100bp PE-reads) | 18 | 38 | 90 | 112 |
| ARN total (30M de 100bp PE-reads) | 12 | 25 | 60 | 75 |
| microARN (10M de 100bp PE-reads) | 36 | 75 | 185 | 225 |
| Métagénomes (7 Gb) | 16 | 32 | 78 | 96 |
| Génomes humains | 2 | 5 | 12 | |
| Temps d’une RUN | 19-25 heures | 19-25 heures | 25-36 heures | 36-44 heures |
*Couverture standard