Principes fondamentaux et applications thérapeutiques de l’ingénierie des génomes

Le Dr Doyon est chercheur régulier au Centre de recherche du CHU de Québec – Université Laval et professeur au département de médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l’Université Laval depuis septembre 2013. Ses travaux se concentrent sur le développement de nouvelles méthodes d’ingénierie ciblée des génomes. La technologie, démocratisée par le déploiement du système CRISPR (Science’s Breakthrough of the Year 2015), est un outil puissant en recherche biomédicale et symbolise une nouvelle ère en médecine. Le Dr Doyon est un bâtisseur de cette technologie, tel qu’illustré par ses nombreux brevets et publications, et il possède une expertise hybride entre les domaines académique et biotechnologique. À titre d’expert, il participe activement au transfert et à l’échange des connaissances avec le public dans la presse (Formidable CRISPR-Cas9, Le Devoir 2016; Des chercheurs guérissent une mutation touchant l’embryon, Le Devoir 2017), ainsi qu’à titre de membre du Comité de travail sur la modification génétique des cellules germinales humaines de la Commission de l’éthique en science et en technologie du Québec.

Création de modèles cellulaires sophistiqués et thérapies cellulaires

L’objectif global de nos recherches est de développer et d’améliorer les technologies d’ingénierie du génome afin de créer de meilleurs modèles cellulaires et développer de nouvelles approches thérapeutiques. Les techniques d’ingénierie des génomes permettent de produire des modèles cellulaires sophistiqués. Par exemple, elles permettent de déterminer directement le lien de causalité entre une variation génétique et un phénotype. Elles s’appliquent particulièrement bien à l’étude des mécanismes de l’oncogenèse et de la progression tumorale. De plus, elles bonifient l’approche protéomique, particulièrement dans le contexte de l’isolation et de la caractérisation des complexes protéiques (A Scalable Genome-Editing-Based Approach for Mapping Multiprotein Complexes in Human Cells. Cell Reports 2015).

Notre laboratoire est très actif dans ce domaine, et s’intéresse également aux approches de correction génique dites ex vivo, visant à modifier génétiquement et réimplanter les cellules d’un patient. Nos recherches visent donc à capitaliser sur nos méthodes de co-sélection des cellules modifiées par CRISPR afin de soutenir les avancées thérapeutiques en immunothérapie du cancer (Marker-free coselection for CRISPR-driven genome editing in human cells. Nature Methods 2017).

Développement d’une nouvelle approche pour le traitement des maladies orphelines

Nous avons établi une nouvelle approche thérapeutique permettant de corriger les mutations géniques directement dans les tissus (In vivo genome editing of the albumin locus as a platform for protein replacement therapy. Blood 2015). Ces travaux en thérapie génique sont à l’interface entre la recherche fondamentale en génomique humaine et la recherche clinique sur les maladies héréditaires affectant la population du Québec. Nous développons ces approches à l’aide de modèles murins de maladies métaboliques affectant le foie, telles que la tyrosinémie, l’acidose lactique, et la mucolipidose de type II afin de reprogrammer les sentiers métaboliques déficients. Ultimement, nos recherches visent à permettre le développement de thérapies novatrices pour les maladies monogéniques affectant l’enfant.

CHUL
2705, boulevard Laurier
T3-67
Québec, Québec
Canada G1V 4G2
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Rivest JF, Carter S, Goupil C, Antérieux P, Cyr D, Ung RV, Dal Soglio D, Mac-Way F, Waters PJ, Paganelli M, Doyon Y

In vivo dissection of the mouse tyrosine catabolic pathway with CRISPR-Cas9 identifies modifier genes affecting hereditary tyrosinemia type 1

Article de revue

Genetics, 2024.

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Pastuszka A, Rousseau GM, Somerville V, Levesque S, Fiset JP, Goulet A, Doyon Y, Moineau S

Dairy phages escape CRISPR defence of Streptococcus thermophilus via the anti-CRISPR AcrIIA3

Article de revue

Int J Food Microbiol, 407 , 2023.

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Boccacci Y, Dumont N, Doyon Y, Laganière J

Accessory-cell-free differentiation of hematopoietic stem and progenitor cells into mature red blood cells

Article de revue

Cytotherapy, 25 (11), 2023.

Résumé | Liens:

Levesque S, Mayorga D, Fiset JP, Goupil C, Duringer A, Loiselle A, Bouchard E, Agudelo D, Doyon Y

Marker-free co-selection for successive rounds of prime editing in human cells

Article de revue

Nat Commun, 13 (1), 2022.

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Sudarshan D, Avvakumov N, Lalonde ME, Alerasool N, Joly-Beauparlant C, Jacquet K, Mameri A, Lambert JP, Rousseau J, Lachance C, Paquet E, Herrmann L, Thonta Setty S, Loehr J, Bernardini MQ, Rouzbahman M, Gingras AC, Coulombe B, Droit A, Taipale M, Doyon Y, Côté J

Recurrent chromosomal translocations in sarcomas create a megacomplex that mislocalizes NuA4/TIP60 to Polycomb target loci

Article de revue

Genes Dev, 36 (11-12), 2022.

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Agudelo D, Carter S, Velimirovic M, Duringer A, Rivest JF, Levesque S, Loehr J, Mouchiroud M, Cyr D, Waters PJ, Laplante M, Moineau S, Goulet A, Doyon Y

Versatile and robust genome editing with Streptococcus thermophilus CRISPR1-Cas9

Article de revue

Genome Res, 30 (1), 2020.

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Levesque S, Agudelo D, Doyon Y

Rewired Cas9s with Minimal Sequence Constraints

Article de revue

Trends Pharmacol Sci, 41 (7), 2020.

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Fuchsbauer O, Swuec P, Zimberger C, Amigues B, Levesque S, Agudelo D, Duringer A, Chaves-Sanjuan A, Spinelli S, Rousseau GM, Velimirovic M, Bolognesi M, Roussel A, Cambillau C, Moineau S, Doyon Y, Goulet A

Cas9 Allosteric Inhibition by the Anti-CRISPR Protein AcrIIA6

Article de revue

Mol Cell, 76 (6), 2019.

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Hynes AP, Rousseau GM, Agudelo D, Goulet A, Amigues B, Loehr J, Romero DA, Fremaux C, Horvath P, Doyon Y, Cambillau C, Moineau S

Widespread anti-CRISPR proteins in virulent bacteriophages inhibit a range of Cas9 proteins

Article de revue

Nat Commun, 9 (1), 2018.

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Carter S, Doyon Y

Gene Therapy in Tyrosinemia: Potential and Pitfalls

Article de revue

Adv Exp Med Biol, 959 , 2017.

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Projets actifs

  • Correction génétique de la tyrosinémie héréditaire de type 1 chez la souris par ingénierie ciblée du génome, du 2024-10-01 au 2025-09-30
  • Regroupement Québécois de Recherche sur la Fonction, l’Ingénierie et les Applications des Protéines, du 2024-04-01 au 2030-03-31

Projets terminés récemment

  • Définir le potentiel thérapeutique et les mécanismes d’action de VSTM2A, du 2022-04-01 au 2023-03-31
  • Engineering, Cloning, Expression and Small Scale Purification of St1Cas9 and variants in Escherichia coli, du 2020-03-31 au 2023-03-31
  • Metabolic Gene-Edited CAR-T Cells For Ovarian Cancer Treatment, du 2021-07-15 au 2024-03-31
  • Orthologous CRISPR-Cas9 systems for genome editing: discovery, characterization and development for novel biotechnological applications, du 2019-10-01 au 2024-09-30
  • Rewiring the Metabolic Ecosystem to Improve Cellular Immunotherapy, du 2019-04-01 au 2024-03-31
  • Understanding the pathogenesis of COVID-19, du 2020-03-01 au 2023-02-28
  • Utilisation des nouvelles technologies d'édition du génome et de séquençage pour améliorer la sécurité des transfusions sanguines, du 2019-12-19 au 2024-02-01
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