Les techniques d’identification des microorganismes tendent à se renouveler en laissant place à l’identification par PCR. En effet, l’amplification PCR couplé au séquençage Sanger permet l’identification de bactérie et de levure. Celle-ci se fait en se référant à la base de données des séquences 16S et ITS par BlastTM sur NCBI. Cela permet en autre d’identifier des bactéries ou des levures qui semblent donner des résultats ambigus par galerie.
À noter que pour certains genres de bactéries, la séquence peut s’apparenter avec 2 espèces très similaires.
Technique
L’identification est réalisée par PCR à partir d’ADN génomique, de la colonie ou du bouillon de culture. Les amorces sont spécifiques au région 16S et ITS.
16S-Bactérie
16S-27F AGAGTTTGATCCTGGCTCAG
16S-1541R AAGGAGGTGATCCAGCCGCA
Amplicon: Environ 1500 pb
ITS-Levure
ITS1 TCCGTAGGTGAACCTGCGG
ITS4 TCCTCCGCTTATTGATATGC
Amplicon : Variable selon l’espèce 600-900 pb
Les PCR sont purifiés, dosés, dilués et séquencés par la méthode Sanger. Les résultats sont disponibles sous forme de chromatographe et de séquence d’ADN. Avec cette séquence, vous serez en mesure de faire un BLAST et de comparer votre séquence avec celles déposées dans la base de données. Cela vous permettra d’avoir un pourcentage d’homologie avec certaines espèces de bactéries ou de levure confirmant ainsi l’identification.
Nos délais de traitement sont actuellement d’environ 1 semaine. Habituellement, nous traitons les échantillons le mercredi PM et les résultats sont disponibles le lundi matin.
Préparation des échantillons
PDF Procédure Envoi Bactéries et levures – Français
Règles d’envoi
À noter que nous ne sommes pas équipés adéquatement pour la manipulation de microorganismes de niveau de biosécurité 2. Alors nous acceptons seulement du niveau 1.
Communiquez avec nous pour nous faire part de votre demande de service d’identification 16S-ITS. Nous vous enverrons plus de détails sur la procédure à suivre pour compléter la demande de service.