Les marqueurs microsatellites sont de courtes séquences d’ADN répétées. Le nombre de répétions varie beaucoup, selon l’espèce, l’individu et même selon l’allèle. Puisqu’on les retrouve dans tout le génome et qu’ils sont très polymorphes, ils sont idéals pour la cartographie génétique.
Le génotypage sur l’appareil DNA Analyzer 3730 XL permet l’analyse de fragments d’ADN marqués par un fluorochrome variant de 60 à 1200 pb. Il existe plusieurs matrices multicomposantes permettant d’analyser différents types de fluorochrome.
Voici celles disponibles à la plateforme :
DS-33 Matrix Standard Kit (Dye Set G5) 6‐ FAM™ , VIC™ , NED™ , PET™ et LIZ
DS-36 Matrix Standard (Dye Set J6) 6-FAM™, VIC™, NED™, SID™, TAZ™ et LIZ
Selon la matrice utilisée, il est possible d’analyser automatiquement 4 à 5 fragments marqués par un fluorochrome différent dans un seul capillaire. Le même fluorochrome peut aussi être utilisé plus d’une fois, lorsque les fragments ont une différence de plus de 100 pb. Ceci nous permet de multiplexer jusqu’à 12 marqueurs par individu dans un même échantillon.
Technique
Le génotypage des marqueurs microsatellites se fait à partir d’une amplification PCR. Ces régions polymorphiques sont amplifiées en marquant une des amorces avec un fluorochrome. Ensuite, par électrophorèse capillaire, il est possible de déterminer la longueur exacte de chaque microsatellite étudié chez un individu.
Application
Génotypage de différents microsatellites (MicroSAT)
Identification lignée cellulaire humaine – Kit Globalfiler 24 STR
HLA – Séquençage
L’instabilité des microsatellites – Test TrueMark MSI
Examiner la structure 3D des acides nucléiques – QuShape
Préparation des échantillons
Nous traitons seulement des PCR ayant une amorce marquée respectant ces conditions :
- Utilisant un ou plusieurs fluorochromes disponibles à la plateforme
- Longueur du PCR : Entre 60 et 1200 pb
- Belle(s) bande(s) sur gel, si possible
- Volume : Culot séché de PCR ou un minimum de 10 uL de volume
Ceux-ci doivent être envoyés dans une plaque 96 puits ou dans des microtubes 1.5 mL.
- Prioriser les plaques PCR séchées
Règles d’envoi
Communiquez avec nous pour nous faire part de votre demande de service de microsatellites. Nous vous enverrons plus de détails sur la procédure à suivre pour l’envoi des échantillons, le multiplexage et pour de plus amples informations.