Applications
Séquençage ADN
- Séquençage de novo (génomes inconnus)
- Séquençage de génomes de petite et grande taille
- Séquençage ciblé (gènes, exons)
- Séquençage amplicons PCR (plasmides, etc)
Séquençage d’ARN (RNA-Seq)
- Analyse d’expression différentielle, quantification et caractérisation de transcrits
- Profilage d’expression de miRNA et lncRNA
- Expression de novo
- Transcriptome de cellules individuelles 10X GENOMICS
Analyse épigénomique (ex : ChIP-Seq, RRBS)
- Identification d’éléments transcriptionnels actifs
- Analyse des interactions ADN-protéines
- Analyse de méthylation
Analyse métagénomique
- Analyse de diverses populations microbiennes et échantillons complexes
Protocoles de préparation de librairies
ADN
Métagénomique
- Amplicons PCR
- Amplicons ribosomes : bactéries (16S)
- Amplicons ribosomes : champignons (ITS)
- Nextera XT DNA
- NEBNext Ultra II DNA
Génomes/Exomes/Séquençage ciblé
- Amplicons PCR :
- Nextera XT DNA
- NEBNext Ultra II DNA
- Agilent SureSelect
- Illumina IDT
Génotypage par séquençage
- Double digestion: Pst1-Msp1
Profilage TCR
- SMARTER Mouse TCR a/b profiling
ChIP-seq
- NEBNext Ultra II DNA
RRBS
- NEBNext Ultra II DNA -NEBNext methylated adapters
ARN
ARN total-seq
- NEBNext Ultra II RNA library – NEBNext rRNA depletion
- NEBNext Ultra II RNA library – Ribominus bacteria
- NEBNext Ultra II RNA library – Ribominus plant
- Spike-in ERCC
Low-input total RNA-seq
- SMARTER stranded total RNA-seq pico input mammalian
- NEBNext Single cell/Low input RNA
ARNm-seq
- NEBNext Ultra II RNA library – NEBNext poly(A) mRNA
Low-input mRNA-seq
- SMART-Seq V4 ultra low input – NEXTERA XT
miARN-seq
- NEBNext Multiples small RNA
Single-cell RNA-seq
- 10X Genomics : scRNA-seq
Autres protocoles peuvent être développés sur demande