Liens
Information
- Introduction à la protéomique
proteomesoftware.zendesk.com
Logiciel
- Outils de protéomique (exemple: digestion théorique: peptide mass)
http://ca.expasy.org/tools/ - MASCOT (moteur de recherche de Matrix Science)
http://www.matrixscience.com/ - Sequest (moteur de recherche de Thermo)
http://www.thermo.com/ - GPM (moteurs de recherche de Global Proteome Machine Organization)
http://www.thegpm.org/ - Scaffold (visualisation et validation des résultats)
http://www.proteomesoftware.com/
Références
Revue sur le séquençage par spectrométrie de masse
Quantification relative par la méthode iTRAQ
- Protein and Biomarker Quantitation Using iTRAQ™ Reagents (pdf)
- Amine-specific Labeling Reagents for Multiplexed Relative and Absolute Protein Quantitation pdf
- Celebrating over 150 peer-reviewed publications (pdf)
Foire Aux Questions
Si vous avez d’autres questions, n’hésitez pas à nous contacter.
Comment installer Scaffold?
- Ouvrez le site Web de Proteome Software, à l’adresse http://www.proteomesoftware.com/.
- Cliquez sur « Download Scaffold » à gauche de l’écran.
- Sélectionnez Scaffold pour Mac ou PC.
- Enregistrez le fichier d’installation sur le bureau de votre ordinateur.
- Exécutez (double-cliquez sur) ce fichier et suivez les étapes d’installation.
Comment visualiser les résultats avec le logiciel Scaffold?
Il s’agit d’un résumé rapide, le menu « Help » du logiciel permet d’obtenir plus de détails.
- Ouvrez un fichier résultat possédant l’extension .sfd.
- Sur le coté gauche de l’écran, cliquez sur « SAMPLES », ce qui vous permettra d’accéder à la liste des protéines détaillant leurs numéros d’accession, poids moléculaire et nombres de peptides uniques identifiés.
- Règle générale, le pourcentage de probabilité minimum doit être ajusté à 50% pour les protéines de même que pour les peptides (voir menu en haut de la page).
- L’option d’affichage (voir menu en haut de la page) doit être ajustée à « unique peptides ».
- Si vous sélectionnez une protéine en particulier et cliquez sur l’icône « PROTEINS » à gauche, il apparaîtra dans la partie droite de l’écran la séquence des peptides identifiés. Si vous sélectionnez l’un ou l’autre de ces peptides, au bas de l’écran apparaîtra le spectre MS/MS, la séquence de la protéine ou une autre information dépendamment des onglets sélectionnés.
- Vous pouvez revenir à la liste des protéines identifiées en cliquant sur l’icône « SAMPLES ».
- En plus de la liste des protéines, cette page présente des liens (vers NCBI entre autres) pour obtenir de l’information supplémentaire sur les protéines identifiées.
- Il est possible d’exporter les résultats dans un fichier Excel. Il suffit d’aller dans le menu « EXPORT » et de sélectionner l’une des options offertes.