Typhoon 9200
Depuis mars 2016 nous utilisons le numériseur Typhoon 9200 avec les membranes photosensibles de la technologie « PhosphorImager« . Ainsi, le Typhoon/ImageQuant TL est constitué d’un ordinateur HP, d’un numériseur laser Typhoon 9200 et du logiciel ImageQuant TL.
Le Typhoon 9200 est un appareil constitué d’un laser pour numériser une membrane photosensible à la radioactivité. Le principe est simple, il suffit d’exposer cette membrane à un isotope radioactif pendant un certain temps, puis de numériser celle-ci grâce à un laser de longueur d’onde spécifique.
Précisément, on dépose l’échantillon radioactif dans la cassette, on recouvre avec une pellicule de plastique (Resinite) et on met la membrane par dessus. Ce qui aura pour effet de l’activer aux endroits où il y a de la radioactivité.
Après un certain temps d’exposition qui peut varier de 1 heure à 3 jours, on dépose la membrane dans le Typhoon pour être révélée. Un balayage laser très précis nous permet d’obtenir une image ayant 65,535 différentes teintes de gris pour chaque pixel de 200 microns.
On peut ensuite effacer cette membrane par contact avec une source lumineuse aux néons durant au moins 10 minutes. Elle est alors prête pour une réutilisation. Selon la compagnie, si l’on prend les moyens nécessaires pour les conserver en bon état, elles seront réutilisables un millier de fois sur une période d’environ 5 ans. Nos plaques actuelles sont utilisées depuis septembre 1999 et sont encore en excellent état.
Le coût est de $5,000 pour une grande cassette et de $2,500 pour une petite. En regard de leur prix exorbitant, il est essentiel d’en prendre grand soin et d’éviter les contaminations.
Saviez-vous que!
Les plaques photosensibles ont une durée de vie d’environ 5 ans. Lorsqu’elles sont utilisées avec précaution, elles peuvent doubler leur vie utile. Nos plaques sont fonctionnelles depuis 1999.
Ces membranes sont sensibles aux isotopes comme le H3, C14, P32, P33, S35 et I125. Plusieurs tests impliquant la chimiluminescence, la fluorescence ont donné des résultats acceptables pour certaines longueurs d’onde, il suffit de consulter Martin Thibault à ce sujet.
Les dimensions des grandes plaques sont les mêmes qu’un grand film soit 24 X 36 cm et celles des petites plaques sont les mêmes qu’un petit film soit 12 X 16 cm. Nous avons présentement plusieurs grandes et petites plaques.
Techniquement, la membrane photosensible est de 3 à 10 fois plus sensible qu’un film en fonction de l’isotope et présente une linéarité 5 fois plus grande, ce qui signifie qu’il est très difficile de la saturer. Ceci est en fait le principal avantage par rapport à un film, car on peut avoir simultanément des échantillons forts et faibles et obtenir un rapport linéaire entre les deux. Par contre, on note une accumulation plus rapide du bruit de fond (background), ce qui implique qu’il est inutile d’exposer des échantillons faibles plus de trois jours.
Le graphique suivant illustre les courbes de sensibilité du signal de la membrane photosensible par rapport à un film. On note que la zone linéaire de la membrane représentée ici en bleu est au moins 5 fois plus grande que la zone linéaire du film représentée ici en rouge. En dehors de ces zones, les valeurs plafonnent et il est impossible d’avoir des rapports valables entre des éléments forts et faibles d’un même échantillon. On note également que la pente des zones linéaires est différente et donc qu’il est impossible de comparer la densité optique du film par rapport aux unités de la plaque.
Procédure d’analyse et résultats
Grâce au logiciel « ImageQuant TL » il est possible d’obtenir l’impression d’une image comportant des nuances de gris pour faire disparaître le bruit de fond, rehausser l’aspect des éléments faibles et diminuer l’aspect des éléments forts.
Quantitativement, il faut découper autour de l’élément que l’on désire analyser. On obtiendra alors plusieurs résultats au choix comme la surface (en pixel), les unités totales (UT) et les unités moyennes (UM). Le tout sera remis avec un rapport écrit et un fichier Excel envoyé par courriel. Généralement, ce sont les Unités totales nettes (UT nette) avec soustraction du bruit de fond qui sont préconisées comme unité de résultat d’analyse.
Comme les membranes utilisent une technologie différente d’un film et qu’elles ne mesurent pas des variations de densité optique, mais plutôt des variations au signal d’un laser, il utilise des unités arbitraires appelées : Unités (Units). Voici un exemple :
Nous avons ici l’image numérisée d’un TLC qui a été imprimée sur papier en utilisant un contraste et une sensibilité élevée. Le nom de l’image est EINA123 et le nom du rapport Excel est EINA54.XLS, ils sont inscrits sur une étiquette collée selon l’orientation de l’analyse. La quantification avec le logiciel Imagequant TL se fait en traçant un carré autour des éléments (En rouge) et un carré supplémentaire pour le bruit de fond.
L’ordre des tracés se fait de 1 vers 8 puis de 9 vers 16 pour terminer par le tracé du bruit de fond. Il est important de prendre la totalité de l’élément et un peu autour. Cet excédent sera éliminé plus tard par soustraction du bruit de fond. On peut également employer des cercles, des polygones ou un quadrillé pour entourer les éléments.
Par la suite, l’intérieur des tracés (carrés rouges ici dans l’exemple) sera interprété pour obtenir les Unités totales, la surface et les Unités Moyennes pour chaque élément. L’affichage des résultats dans Excel se fera généralement selon la disposition physique des éléments. Selon notre exemple, sur 8 colonnes par 2 lignes constituant un bloc de données (ici 1 encerclé en bleu). Par contre, si les résultats apparaissent en lignes il faut alors se référer aux numéros (ici 1 à 16) qui identifient chaque élément. Voici, pour notre exemple, la disposition des résultats en UT nettes avec soustraction du bruit de fond obtenu dans Excel :
ImageJ
L’analyseur d’images ImageJ est constitué d’un ordinateur HP Deskpro, d’un numériseur EPSON Perfection V550 et du logiciel ImageJ.
Spécifiquement, le logiciel ImageJ est un gratuiciel (freeware) qui répond à la plupart des exigences en analyse d’images et est programmable en Java sous forme de macro afin d’automatiser une série de tâches. Il peut analyser différents types d’échantillons en noir et blanc comme les autoradiogrammes, les photos, les gels, les membranes, etc. De concert avec le logiciel « Adobe Photoshop« , il est possible d’obtenir, de modifier et de convertir plusieurs types d’images que l’on pourra ensuite imprimer ou sauvegarder dans n’importe quel format.
Grâce au logiciel ImageJ, il est possible d’obtenir l’impression d’une image comportant des nuances de gris pour faire disparaître le bruit de fond, rehausser l’aspect des éléments faibles et diminuer l’aspect des éléments forts.
Procédure d’analyse et résultats
Quantitativement, il faut tracer manuellement une surface autour des éléments que l’on désire analyser. Suite aux calculs faits par le logiciel, on obtiendra alors plusieurs types de résultats comme la surface (en pixels), la Densité Optique Moyenne (DOM) ou Densité Optique Totale (DOT). Le tout sera remis avec un rapport écrit et un fichier Excel envoyé par courriel.
Généralement, c’est la Densité Optique Totale avec soustraction du bruit de fond (DOT nette) qui est préconisée comme type de résultat d’analyse. Voici un exemple :
Nous avons ici l’image numérisée d’un TLC qui a été imprimée sur papier. Le nom de l’image est EINA123 et le nom du rapport Excel est EINA54.XLS, ils sont inscrits sur une étiquette collée selon l’orientation de l’analyse.
La quantification se fait en traçant un carré autour des éléments (en rouge dans notre exemple). L’ordre des tracés se fait de 1 vers 8 puis de 9 vers 16. L’image est traitée de sorte que l’on élimine le bruit de fond dès le départ, soit avant l’analyse. Il est important de prendre la totalité de l’élément et un peu autour. On peut également employer des cercles ou des polygones pour entourer les éléments.
Par la suite, le logiciel ImageJ va interpréter l’intérieur des tracés (carrés rouges dans notre exemple) et calculer la Densité Optique Totale (DOT), la surface en pixels et la Densité Optique Moyenne (DOM) pour chaque élément.
L’affichage des résultats dans Excel se fera généralement selon la disposition des éléments sur l’échantillon. Selon notre exemple, nous avons 8 colonnes par 2 lignes constituant un bloc de donnée (ici 1 encerclé en bleu). Par contre, si les résultats apparaissent en lignes il faut alors se référer aux numéros (ici 1 à 16) qui identifient chaque élément. Voici, pour notre exemple, les résultats en densité optique totale avec soustraction du bruit de fond (DOT nette) obtenu dans Excel :
Mise à jour le 25 septembre 2019