Définition des termes et abréviations
Voici une brève définition des termes les plus fréquemment employés dans les rapports d’analyse.
Échantillon
Support physique à analyser, soit un gel, un autoradiogramme, une photo, une membrane, etc.
Élément
Objet à analyser, soit un spot, une bande, une section d’organe, etc.
Numérisation
Action de transférer l’image d’un échantillon sous forme informatique (de l’anglais : scanning, digitalisation). À cet effet, on peut utiliser une caméra, un laser ou un numériseur (scanner).
Membrane photosensible
Surface sensible à tous les isotopes radioactifs. Après un certain temps d’exposition, celle-ci est révélée et numérisée grâce à un balayage laser effectué par le Typhoon.
Cassette
L’ensemble complet constitué de la cassette incluant la membrane photosensible. Le premier appareil à offrir cette technologie était le PhosphorImager, nous utilisons maintenant un Typhoon 9200 qui est un appareil plus récent de la même compagnie.
Pixel
Un point d’écran ou un des points d’un élément. La surface découpée autour d’un élément est généralement exprimée en nombre de points ou pixels.
Densité Optique Totale (DOT ou IOD)
C’est la somme des densités optiques de chaque pixel d’un élément.
Densité Optique Moyenne (DOM ou OD)
C’est la somme des densités optiques de chaque pixel d’un élément divisé par la surface en pixel.
Unités Totales (UT ou Total Units)
C’est la somme des Unités de Storm de chaque pixel d’un élément.
Unités Moyennes (UM ou Mean Units)
C’est la somme des Unités de Storm de chaque pixel d’un élément divisé par la surface en pixel.
PPP ou DPI
Unité de résolution en Point Par Pouce (PPP) ou en anglais en Dot Per Inch (DPI)
Foire aux questions (FAQ)
Comment inclure le nom de ton analyseur dans ma publication ?
En fonction du type d’analyseur d’image, voici ce qu’il faut écrire :
Pour le Typhoon 9200 :
« Images analysed by Typhoon 9200 from GE Healthcare with ImageQuant TL software »
Pour le ImageJ :
« Images analysed by ImageJ software from NIH on PC computer »
Que signifie AVEC ou SANS la soustraction du « background » ?
Un échantillon radioactif possède généralement une teinte de gris (bruit de fond ou background) lorsqu’il est exposé durant un certain temps sur un film ou sur une plaque photosensible du Typhoon. Dans la plupart des cas, il faut éliminer ce bruit de fond des valeurs de densité optique totale ou unités totales de ces éléments afin d’uniformiser les résultats.
Sur les rapports d’analyse que je remets, le bruit de fond est toujours enlevé. Le terme net signifie que le bruit de fond a été enlevé. On parlera alors de Densité Optique Totale nette (DOT nette) ou d’Unité Totale nette (UT nette).
On aura des variations dans les résultats pour une analyse qui implique des rapports entre deux éléments si on ne considère pas la valeur du bruit de fond.
Entre les DOT/UT et les DOM/UM que dois-je choisir ?
Tout dépend du type d’échantillon que vous faites analyser. Si une mesure implique une quantité ou une concentration, on utilisera les Densités Optiques Totales (DOT) avec le logiciel ImageJ ou les Unités Totales (UT) pour une analyse avec le Typhoon.
Ces valeurs tiennent compte à la fois de la densité et de la grosseur de l’élément quantifié. Par exemple, pour des bandes ayant une même teinte de gris, une bande deux fois plus grande aura une valeur de DOT ou UT deux fois plus élevé. C’est généralement le cas pour la quantification d’une bande provenant d’un autoradiogramme, d’un gel ou d’un TLC.
Dans le cas où l’élément présente des variations de densité optique et que l’on désire une moyenne de ces variations, on optera plutôt pour les Densités Optiques Moyennes (DOM) ou Unités Moyennes (UM) suivant l’analyseur employé.
Ces valeurs tiennent compte uniquement de la densité de l’élément quantifié. Par exemple, pour des régions cervicales ayant une même teinte de gris, une région deux fois plus grande aura une même valeur de DOM ou d’UM. C’est généralement le cas pour la quantification d’une région d’un organe comme le cerveau ou la prostate.
J’ai fait analyser le même échantillon sur l’ImageJ et le Typhoon et je n’ai pas obtenu les mêmes résultats ?
Cela est normal puisque ces deux appareils n’utilisent pas la même technologie. L’ImageJ donne des résultats en Densité optique Totale (DOT) selon la courbe standard de la densité optique obtenue à partir d’un film. Tandis que le Typhoon donne des résultats en Unités Totales (UT) obtenues à partir de sa membrane photosensible. Il ne suit donc pas le même type de courbe. Pour mieux comprendre, voici ci-dessous un graphique illustrant ces phénomènes :
On remarque tout d’abord que la pente des zones linéaires n’est pas la même. Le rapport entre deux valeurs ne peut donc être identique. Ensuite, cette zone linéaire est 5 fois plus importante sur la courbe du Typhoon qui, à toute fin pratique, n’a pas de plateau. Et finalement, si on tente de calculer un rapport entre deux valeurs situées sur les plateaux de la courbe du film, on obtiendra une valeur erronée correspondant à de la sursaturation (plateau du haut) ou de la sous-saturation (plateau du bas). La zone linéaire se situant donc entre 0.05 et 2.0 de densité optique.
Mise à jour le 25 septembre 2019