Les recherches du Dr. Manem sont axées sur l’application de la bioinformatique translationnelle et des approches d’apprentissage automatique pour caractériser les mécanismes moléculaires du cancer, dans le but de développer des diagnostics et des traitements personnalisés basés sur les données. Avec un accent sur la recherche translationnelle, nous collaborons étroitement avec les cliniciens pour développer de nouveaux biomarqueurs visant à améliorer les soins en oncologie. En particulier, le Dr. Manem et son équipe analysent des ensembles de données multimodaux à haut débit pour développer de nouveaux biomarqueurs pour le diagnostic, le pronostic et la réponse thérapeutique du cancer. Son groupe étudie également les associations à différentes échelles des biomarqueurs du cancer à travers plusieurs modalités de données, notamment de l’expression génique aux phénotypes immunitaires, en passant par l’imagerie radiologique et les lames pathologiques numériques.

Research synopsis :

  1. Les inhibiteurs des points de contrôle immunitaires (ICI) ont modifié le paysage thérapeutique de nombreux cancers solides. Bien que les essais cliniques aient indiqué une probabilité accrue de succès avec les ICI, le taux de réponse varie considérablement. Par exemple, seuls 20 à 30 % des patients atteints de cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC) répondent à ces schémas thérapeutiques. Le manque de biomarqueurs permettant d’identifier avec précision les patients qui bénéficieront de ces coûteux ICI est un inconvénient majeur. Ce laboratoire développe des approches pour prédire la réponse d’un patient à ces ICI coûteux en utilisant des profils radiologiques, pathologiques et cliniques.
  2. La plupart des décès liés au cancer surviennent chez des patients initialement diagnostiqués à un stade précoce, puis connaissant par la suite une récurrence qui reste non détectée jusqu’à ce qu’elle se soit métastasée. Par exemple, les patients atteints de CPNPC à un stade précoce (stades I et II) développent une récurrence du cancer dans les cinq premières années suivant la résection chirurgicale. Des outils fiables de prédiction de la récurrence du cancer peuvent permettre des interventions thérapeutiques en temps opportun, améliorant ainsi la survie du patient. À ce jour, il existe un manque de modèles et de tests cliniques pour identifier les patients présentant un risque élevé de récurrence après la chirurgie. Cette équipe développe des approches basées sur les données pour identifier quels patients sont susceptibles de connaître une récurrence en utilisant des images radiologiques, des lames pathologiques et des données cliniques.
  3. Le paradigme qui a guidé la radio-oncologie repose largement sur la philosophie largement adoptée du « taille unique pour tous », qui ne permet pas une individualisation de la dose spécifique au patient. La radiothérapie est souvent utilisée comme stratégie de traitement curatif pour les cancers à un stade précoce curables, et actuellement, il n’existe aucun biomarqueur cliniquement mis en œuvre prédictif de la réponse à la radiothérapie. Il existe plusieurs outils de diagnostic moléculaire qui font leur entrée dans les paramètres cliniques pour d’autres interventions thérapeutiques, comme l’immunothérapie, cependant, il a manqué d’indicateurs de diagnostic analogues dans le domaine de la médecine de la radiation. Ce laboratoire a développé des biomarqueurs basés sur les données prédictives de la réponse à la radiothérapie en utilisant des données OMICS.
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Yolchuyeva S, Giacomazzi E, Tonneau M, Ebrahimpour L, Lamaze FC, Orain M, Coulombe F, Malo J, Belkaid W, Routy B, Joubert P, Manem VSK

A Radiomics-Clinical Model Predicts Overall Survival of Non-Small Cell Lung Cancer Patients Treated with Immunotherapy: A Multicenter Study

Article de revue

Cancers (Basel), 15 (15), 2023.

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Yolchuyeva S, Giacomazzi E, Tonneau M, Lamaze F, Orain M, Coulombe F, Malo J, Belkaid W, Routy B, Joubert P, Manem VSK

Imaging-Based Biomarkers Predict Programmed Death-Ligand 1 and Survival Outcomes in Advanced NSCLC Treated With Nivolumab and Pembrolizumab: A Multi-Institutional Study

Article de revue

JTO Clin Res Rep, 4 (12), 2023.

Résumé | Liens:

Manem VSK, Sazonova O, Gagné A, Orain M, Khoshkrood-Mansoori B, Gaudreault N, Bossé Y, Joubert P

Addendum: Unravelling actionable biology using transcriptomic data to integrate mitotic index and Ki-67 in the management of lung neuroendocrine tumors

Article de revue

Oncotarget, 13 , 2022.

| Liens:

Villot R, Poirier A, Bakan I, Boulay K, Fernández E, Devillers R, Gama-Braga L, Tribouillard L, Gagné A, Duchesne É, Caron D, Bérubé JS, Bérubé JC, Coulombe Y, Orain M, Gélinas Y, Gobeil S, Bossé Y, Masson JY, Elowe S, Bilodeau S, Manem V, Joubert P, Mallette FA, Laplante M

ZNF768 links oncogenic RAS to cellular senescence

Article de revue

Nat Commun, 12 (1), 2021.

Résumé | Liens:

Villot R, Poirier A, Devillers R, Kolnoguz A, Elowe S, Manem VSK, Joubert P, Mallette FA, Laplante M

ZNF768: controlling cellular senescence and proliferation with ten fingers

Article de revue

Mol Cell Oncol, 8 (6), 2021.

Résumé | Liens:

Manem VSK

Development and validation of genomic predictors of radiation sensitivity using preclinical data

Article de revue

BMC Cancer, 21 (1), 2021.

Résumé | Liens:

Manem VSK, Sazonova O, Gagné A, Orain M, Khoshkrood-Mansoori B, Gaudreault N, Bossé Y, Joubert P

Unravelling actionable biology using transcriptomic data to integrate mitotic index and Ki-67 in the management of lung neuroendocrine tumors

Article de revue

Oncotarget, 12 (3), 2021.

Résumé | Liens:

Sazonova O, Manem V, Béland C, Hamel MA, Lacasse Y, Lévesque MH, Orain M, Joubert D, Provencher S, Simonyan D, Joubert P

Development and Validation of Diffuse Idiopathic Pulmonary Neuroendocrine Hyperplasia Diagnostic Criteria

Article de revue

JTO Clin Res Rep, 1 (4), 2020.

Résumé | Liens:

Bossé Y, Li Z, Xia J, Manem V, Carreras-Torres R, Gabriel A, Gaudreault N, Albanes D, Aldrich MC, Andrew A, Arnold S, Bickeböller H, Bojesen SE, Brennan P, Brunnstrom H, Caporaso N, Chen C, Christiani DC, Field JK, Goodman G, Grankvist K, Houlston R, Johansson M, Kiemeney LA, Lam S, Landi MT, Lazarus P, Le Marchand L, Liu G, Melander O, Rennert G, Risch A, Rosenberg SM, Schabath MB, Shete S, Song Z, Stevens VL, Tardon A, Wichmann HE, Woll P, Zienolddiny S, Obeidat M, Timens W, Hung RJ, Joubert P, Amos CI, McKay JD

Transcriptome-wide association study reveals candidate causal genes for lung cancer

Article de revue

Int J Cancer, 146 (7), 2020.

Résumé | Liens:

Kachuri L, Johansson M, Rashkin SR, Graff RE, Bossé Y, Manem V, Caporaso NE, Landi MT, Christiani DC, Vineis P, Liu G, Scelo G, Zaridze D, Shete SS, Albanes D, Aldrich MC, Tardón A, Rennert G, Chen C, Goodman GE, Doherty JA, Bickeböller H, Field JK, Davies MP, Dawn Teare M, Kiemeney LA, Bojesen SE, Haugen A, Zienolddiny S, Lam S, Le Marchand L, Cheng I, Schabath MB, Duell EJ, Andrew AS, Manjer J, Lazarus P, Arnold S, McKay JD, Emami NC, Warkentin MT, Brhane Y, Obeidat M, Martin RM, Relton C, Davey Smith G, Haycock PC, Amos CI, Brennan P, Witte JS, Hung RJ

Immune-mediated genetic pathways resulting in pulmonary function impairment increase lung cancer susceptibility

Article de revue

Nat Commun, 11 (1), 2020.

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Projets actifs

  • Découverte de biomarqueurs basés sur l'intelligence artificielle pour améliorer l'efficacité thérapeutique de l'immunothérapie chez les patients atteints de carcinomes non à petites cellules du poumon, du 2020-07-01 au 2024-06-30
  • Découverte de biomarqueurs basés sur l'intelligence artificielle pour améliorer l'efficacité thérapeutique de l’immunothérapie chez les patients atteints de carcinome non à petites cellules du poumon, du 2020-07-01 au 2024-06-30
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Projets terminés récemment

  • Deciphering the role of the immune microenvironment in the response of lung cancer to immunotherapy, du 2021-03-31 au 2024-03-30
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