Arnaud Droit est professeur agrégé au Département de médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l’Université Laval, et chercheur au Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval, où il dirige la plateforme de bio-informatique et de protéomique. Il est aussi membre du bureau de direction du Centre de recherche en données massives (CRDM) de l’Université Laval. Arnaud Droit a fait ses études en biochimie et en bio-informatique à l’Université Toulouse III – Paul Sabatier, et est détenteur d’un doctorat de l’Université Laval. Le programme de recherche d’Arnaud Droit vise à développer de nouvelles approches et méthodes de génomique computationnelle, afin d’analyser efficacement et rigoureusement les données de génomique et de protéomique issues des technologies de nouvelle génération. Il est ainsi à la croisée des chemins entre les sciences biologiques et informatiques.

Depuis 2016, il est titulaire de la Chaire de recherche et d’innovation L’Oréal en biologie numérique, première chaire de recherche en biologie numérique, qui constitue un pôle d’excellence pour le développement de technologies et d’analyses de données multi-omiques massives (qui incluent les différents champs de la biologie se terminant par le suffixe « omique » : génomique, épigénomique, protéomique, métagénomique, etc.).

Le Dr Droit supervise plusieurs projets d’envergure, dont l’objectif est de résoudre les défis liés à la gestion de données massives et d’en extraire des connaissances exploitables pour la communauté des sciences de la vie. Un de ses projets vise à agréger de nombreuses sources de données biologiques, les relier entre elles, découvrir de nouvelles relations, et les rendre disponibles sur internet via des interfaces de visualisations dynamiques. Il est aussi impliqué dans le développement d’outils d’apprentissage machine dédiés à la recherche clinique et aux données multi-omiques, qui pourront aussi s’étendre dans d’autres domaines. D’autres projets couvrent aussi l’analyse de données multi-omiques temporelles, qui requièrent le développement de nouvelles approches, ou encore l’identification de gènes interagissant ensemble par l’intermédiaire de création de réseaux de co-expression.

Finalement, le Dr Droit a établi de nombreuses collaborations internationales qui lui permettent de couvrir plusieurs champs de recherche en biologie, notamment en oncologie, immunologie, et maladies de la peau.

CHUL
2705, boulevard Laurier
R-4720
Québec, Québec
Canada G1V 4G2
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Mathieu A, Leclercq M, Sanabria M, Perin O, Droit A

Machine Learning and Deep Learning Applications in Metagenomic Taxonomy and Functional Annotation

Article de revue

Front Microbiol, 13 , 2022.

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Matsumoto S, Breniaux M, Claisse O, Gotti C, Bourassa S, Droit A, Deleris-Bou M, Krieger S, Weidmann S, Rudolf J, Lucas P

The production of preconditioned freeze-dried Oenococcus oeni primes its metabolism to withstand environmental stresses encountered upon inoculation into wine

Article de revue

Int J Food Microbiol, 369 , 2022.

Résumé | Liens:

Micule I, Lace B, Wright NT, Chrestian N, Strautmanis J, Diriks M, Stavusis J, Kidere D, Kleina E, Zdanovica A, Laflamme N, Rioux N, Setty ST, Pajusalu S, Droit A, Lek M, Rivest S, Inashkina I

Case Report: Two Families With HPDL Related Neurodegeneration

Article de revue

Front Genet, 13 , 2022.

Résumé | Liens:

Dessay M, Couture E, Maaroufi H, Fournier F, Gagnon E, Droit A, Brown JP, Michou L

Attenuated clinical and osteoclastic phenotypes of Paget's disease of bone linked to the p.Pro392Leu/SQSTM1 mutation by a rare variant in the DOCK6 gene

Article de revue

BMC Med Genomics, 15 (1), 2022.

Résumé | Liens:

Gotti C, Roux-Dalvai F, Joly-Beauparlant C, Mangnier L, Leclercq M, Droit A

DIA proteomics data from a UPS1-spiked E.coli protein mixture processed with six software tools

Article de revue

Data Brief, 41 , 2022.

Résumé | Liens:

André S, Picard M, Cezar R, Roux-Dalvai F, Alleaume-Butaux A, Soundaramourty C, Cruz AS, Mendes-Frias A, Gotti C, Leclercq M, Nicolas A, Tauzin A, Carvalho A, Capela C, Pedrosa J, Castro AG, Kundura L, Loubet P, Sotto A, Muller L, Lefrant JY, Roger C, Claret PG, Duvnjak S, Tran TA, Racine G, Zghidi-Abouzid O, Nioche P, Silvestre R, Droit A, Mammano F, Corbeau P, Estaquier J

T cell apoptosis characterizes severe Covid-19 disease

Article de revue

Cell Death Differ, 29 (8), 2022.

Résumé | Liens:

Doré E, Joly-Beauparlant C, Morozumi S, Mathieu A, Lévesque T, Allaeys I, Duchez AC, Cloutier N, Leclercq M, Bodein A, Payré C, Martin C, Petit-Paitel A, Gelb MH, Rangachari M, Murakami M, Davidovic L, Flamand N, Arita M, Lambeau G, Droit A, Boilard E

The interaction of secreted phospholipase A2-IIA with the microbiota alters its lipidome and promotes inflammation

Article de revue

JCI Insight, 7 (2), 2022.

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Mangnier L, Joly-Beauparlant C, Droit A, Bilodeau S, Bureau A

Cis-regulatory hubs: a new 3D model of complex disease genetics with an application to schizophrenia

Article de revue

Life Sci Alliance, 5 (5), 2022.

Résumé | Liens:

Bodein A, Scott-Boyer MP, Perin O, Lê Cao KA, Droit A

Interpretation of network-based integration from multi-omics longitudinal data

Article de revue

Nucleic Acids Res, 50 (5), 2022.

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Prunier J, Carrier A, Gilbert I, Poisson W, Albert V, Taillon J, Bourret V, Côté SD, Droit A, Robert C

CNVs with adaptive potential in Rangifer tarandus: genome architecture and new annotated assembly

Article de revue

Life Sci Alliance, 5 (3), 2022.

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Projets actifs

  • Caractérisation de la structure 3D et de la coloration des perles chez Pinctada sp. par analyse d’image., du 2021-01-01 au 2023-12-31
  • Caribou Genomics : a National Non-Invasive Monitoring Approach for an Iconic and Model Species-at-Risk, du 2020-10-01 au 2023-09-30
  • Cellular mechanisms regulating the pathogenesis of secondary progressive CNS autoimmunity, du 2018-10-01 au 2023-03-31
  • Chaire de recherche et d'innovation l'Oréal en biologie numérique, du 2016-05-16 au 2026-05-15
  • Delineation of the epigenomic principles underlying microglial transcriptional and cellular activity in chronic neurodegenerative diseases, du 2020-03-01 au 2025-03-31
  • Dévelooppement d'algorithmes d'interprétation de modèles d'apprentissage profond pour la découverte de biomarqueurs, du 2020-04-01 au 2023-12-31
  • Development of high accuracy models for MICROB-AI, a new generation of diagnosis test for UTI, du 2021-07-01 au 2023-06-30
  • Father's lasting influence: Molecular foundations of intergenerational transmission of the paternal environment, du 2014-11-01 au 2023-03-31
  • Identifying novel molecular insights from life science massive data, du 2018-04-01 au 2023-03-31
  • Influence of hyperglycemia on the host-microbiome interactions during subgingival microbiome dysbiosis, du 2020-12-11 au 2023-06-10
  • Leveraging the impact of diversity in neurodevelopmental disability by integrating machine learning in personalized interventions, du 2020-02-01 au 2023-01-31
  • L’AIMZ-938, un nouveau promédicament anticancéreux pour le traitement des cancers du sein humain réfractaires aux traitements actuels et exprimant le cytochrome P450 1A1, du 2021-10-01 au 2026-09-30
  • Nouvelle approche intégrative de génomique du microbiome pour des luzernières plus durables, du 2022-07-01 au 2024-06-30
  • Nouvelle approche moléculaire pour la détection simultanée des virus pathogènes aux framboisiers et aux fraisiers, du 2019-08-01 au 2023-08-31
  • Observatoire international sur les impacts sociétaux de l'intelligence artificielle et du numérique, du 2018-04-01 au 2024-03-31
  • Outil d'intelligence artificielle pour l'identification rapide et précise des bactéries pathogènes chez les animaux et/ou chez l'humain dans le lait et les produits laitiers, du 2021-04-01 au 2024-03-31
  • Outil d'intelligence artificielle pour l'identification rapide et précise des micro-organismes dans le lait, du 2022-03-24 au 2025-04-30
  • Personalized Risk Assesment for Prevention and Early Detection of Breast Cancer : Integration and Implementation (PERSPECTIVE II), du 2017-11-01 au 2024-03-31
  • Predict to prevent: Advanced proteomics profiling for precision medicine, du 2021-03-23 au 2022-09-30
  • Therapeutic approach to preserve Tfh cells and improve B cell immunity in simian immunodeficiency virus infected rhesus macaques, du 2021-04-01 au 2026-03-31
  • Use of genomics to manage and protect caribou populations, du 2018-04-01 au 2022-12-31
  • Utilisation du séquençage à haut débit pour l’identification d’organismes pathogènes des plantes, du 2019-08-01 au 2023-08-31

Projets terminés récemment

  • Calcul Québec, du 2015-04-01 au 2022-03-31
  • Computer-Aided Sperm Analysis (CASA) of sperm motility and hyperactivation, du 2021-04-01 au 2022-03-31
  • Covid-19 effects on ARTErial StIffness and vascular AgiNg (CARTESIAN) study- Canada, du 2021-06-01 au 2022-05-31
  • Development of Comprehensive Cytogenomics and Molecular Genetics Testing Using ans Exome and Low-Pass Whole Genome Sequencing Combined Approach, du 2019-01-01 au 2021-12-31
  • Développement d'approches par apprentissage actif et en budget contraint à partir de données de cardiologie, du 2021-08-01 au 2021-10-29
  • Développement d'un nouvel instrument d'analyse en temps réel pour la chirurgie guidée des cancers, du 2019-04-01 au 2021-03-31
  • Impact of the sperm epigenome on the progeny outcome born by assisted reproductive technology, du 2016-07-01 au 2021-12-31
  • Live viral spectroscopy for rapid Covid-19 detection applied directly to clinical biofluids without sample processing, du 2020-08-01 au 2021-07-31
  • Mise en place d’une application web d’aide à la visualisation et à l’interprétation des analyses de la qualité des sols en culture de pommes de terre, du 2019-05-17 au 2021-05-16
  • Prevention of the immunopathology induced by SARS-CoV-2, du 2021-06-01 au 2022-05-31
  • Toward nutritional and epigenomic interventions in prostate cancer prevention and management, du 2017-10-01 au 2020-09-30
  • Une infrastructure IA multi-usagers clé en main pour gérer le cycle de vie complet des données en santé, du 2021-04-01 au 2022-08-31
Information provenant du registre des projets de recherche de l'Université Laval