Arnaud Droit est professeur agrégé au Département de médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l’Université Laval, et chercheur au Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval, où il dirige la plateforme de bio-informatique et de protéomique. Il est aussi membre du bureau de direction du Centre de recherche en données massives (CRDM) de l’Université Laval. Arnaud Droit a fait ses études en biochimie et en bio-informatique à l’Université Toulouse III – Paul Sabatier, et est détenteur d’un doctorat de l’Université Laval. Le programme de recherche d’Arnaud Droit vise à développer de nouvelles approches et méthodes de génomique computationnelle, afin d’analyser efficacement et rigoureusement les données de génomique et de protéomique issues des technologies de nouvelle génération. Il est ainsi à la croisée des chemins entre les sciences biologiques et informatiques.

Depuis 2016, il est titulaire de la Chaire de recherche et d’innovation L’Oréal en biologie numérique, première chaire de recherche en biologie numérique, qui constitue un pôle d’excellence pour le développement de technologies et d’analyses de données multi-omiques massives (qui incluent les différents champs de la biologie se terminant par le suffixe « omique » : génomique, épigénomique, protéomique, métagénomique, etc.).

Le Dr Droit supervise plusieurs projets d’envergure, dont l’objectif est de résoudre les défis liés à la gestion de données massives et d’en extraire des connaissances exploitables pour la communauté des sciences de la vie. Un de ses projets vise à agréger de nombreuses sources de données biologiques, les relier entre elles, découvrir de nouvelles relations, et les rendre disponibles sur internet via des interfaces de visualisations dynamiques. Il est aussi impliqué dans le développement d’outils d’apprentissage machine dédiés à la recherche clinique et aux données multi-omiques, qui pourront aussi s’étendre dans d’autres domaines. D’autres projets couvrent aussi l’analyse de données multi-omiques temporelles, qui requièrent le développement de nouvelles approches, ou encore l’identification de gènes interagissant ensemble par l’intermédiaire de création de réseaux de co-expression.

Finalement, le Dr Droit a établi de nombreuses collaborations internationales qui lui permettent de couvrir plusieurs champs de recherche en biologie, notamment en oncologie, immunologie, et maladies de la peau.

CHUL
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Dernières nouvelles

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Busche S, Ge B, Vidal R, Spinella JF, Saillour V, Richer C, Healy J, Chen SH, Droit A, Sinnett D, Pastinen T

Integration of high-resolution methylome and transcriptome analyses to dissect epigenomic changes in childhood acute lymphoblastic leukemia

Article de revue

Cancer Res, 73 (14), 2013.

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Mercier E, Droit A, Li L, Robertson G, Zhang X, Gottardo R

An integrated pipeline for the genome-wide analysis of transcription factor binding sites from ChIP-Seq

Article de revue

PLoS One, 6 (2), 2011.

Résumé | Liens:

Zhang X, Robertson G, Krzywinski M, Ning K, Droit A, Jones S, Gottardo R

PICS: probabilistic inference for ChIP-seq

Article de revue

Biometrics, 67 (1), 2011.

Résumé | Liens:

Droit A, Cheung C, Gottardo R

rMAT--an R/Bioconductor package for analyzing ChIP-chip experiments

Article de revue

Bioinformatics, 26 (5), 2010.

Résumé | Liens:

Gagne JP, Moreel X, Gagne P, Labelle Y, Droit A, Chevalier-Pare M, Bourassa S, McDonald D, Hendzel MJ, Prigent C, Poirier GG

Proteomic investigation of phosphorylation sites in poly(ADP-ribose) polymerase-1 and poly(ADP-ribose) glycohydrolase

Article de revue

J Proteome Res, 8 (2), 2009.

Résumé | Liens:

Wu FX, Gagne P, Droit A, Poirier GG

Quality assessment of peptide tandem mass spectra

Article de revue

BMC Bioinformatics, 9 Suppl 6 , 2008.

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Mathivanan S, Ahmed M, Ahn NG, Alexandre H, Amanchy R, Andrews PC, Bader JS, Balgley BM, Bantscheff M, Bennett KL, Bjorling E, Blagoev B, Bose R, Brahmachari SK, Burlingame AS, Bustelo XR, Cagney G, Cantin GT, Cardasis HL, Celis JE, Chaerkady R, Chu F, Cole PA, Costello CE, Cotter RJ, Crockett D, DeLany JP, De Marzo AM, DeSouza LV, Deutsch EW, Dransfield E, Drewes G, Droit A, Dunn MJ, Elenitoba-Johnson K, Ewing RM, Van Eyk J, Faca V, Falkner J, Fang X, Fenselau C, Figeys D, Gagne P, Gelfi C, Gevaert K, Gimble JM, Gnad F, Goel R, Gromov P, Hanash SM, Hancock WS, Harsha HC, Hart G, Hays F, He F, Hebbar P, Helsens K, Hermeking H, Hide W, Hjernø K, Hochstrasser DF, Hofmann O, Horn DM, Hruban RH, Ibarrola N, James P, Jensen ON, Jensen PH, Jung P, Kandasamy K, Kheterpal I, Kikuno RF, Korf U, Korner R, Kuster B, Kwon MS, Lee HJ, Lee YJ, Lefevre M, Lehvaslaiho M, Lescuyer P, Levander F, Lim MS, Lobke C, Loo JA, Mann M, Martens L, Martinez-Heredia J, McComb M, McRedmond J, Mehrle A, Menon R, Miller CA, Mischak H, Mohan SS, Mohmood R, Molina H, Moran MF, Morgan JD, Moritz R, Morzel M, Muddiman DC, Nalli A, Navarro JD, Neubert TA, Ohara O, Oliva R, Omenn GS, Oyama M, Paik YK, Pennington K, Pepperkok R, Periaswamy B, Petricoin EF, Poirier GG, Prasad TS, Purvine SO, Rahiman BA, Ramachandran P, Ramachandra YL, Rice RH, Rick J, Ronnholm RH, Salonen J, Sanchez JC, Sayd T, Seshi B, Shankari K, Sheng SJ, Shetty V, Shivakumar K, Simpson RJ, Sirdeshmukh R, Siu KW, Smith JC, Smith RD, States DJ, Sugano S, Sullivan M, Superti-Furga G, Takatalo M, Thongboonkerd V, Trinidad JC, Uhlen M, Vandekerckhove J, Vasilescu J, Veenstra TD, Vidal-Taboada JM, Vihinen M, Wait R, Wang X, Wiemann S, Wu B, Xu T, Yates JR, Zhong J, Zhou M, Zhu Y, Zurbig P, Pandey A

Human Proteinpedia enables sharing of human protein data

Article de revue

Nat Biotechnol, 26 (2), 2008.

| Liens:

Gagne JP, Ethier C, Gagne P, Mercier G, Bonicalzi ME, Mes-Masson AM, Droit A, Winstall E, Isabelle M, Poirier GG

Comparative proteome analysis of human epithelial ovarian cancer

Article de revue

Proteome Sci, 5 , 2007.

Résumé | Liens:

Droit A, Hunter JM, Rouleau M, Ethier C, Picard-Cloutier A, Bourgais D, Poirier GG

PARPs database: a LIMS systems for protein-protein interaction data mining or laboratory information management system

Article de revue

BMC Bioinformatics, 8 , 2007.

Résumé | Liens:

Rouleau M, McDonald D, Gagné P, Ouellet ME, Droit A, Hunter JM, Dutertre S, Prigent C, Hendzel MJ, Poirier GG

PARP-3 associates with polycomb group bodies and with components of the DNA damage repair machinery

Article de revue

J Cell Biochem, 100 (2), 2007.

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Projets actifs

  • Artificial intelligence tool for fast and accurate identification of mastitis pathogenic and spoilage microorganisms in milk, du 2022-04-01 au 2024-03-31
  • Caractérisation de la structure 3D et de la coloration des perles chez Pinctada sp. par analyse d’image., du 2021-01-01 au 2023-12-31
  • Caribou Genomics : a National Non-Invasive Monitoring Approach for an Iconic and Model Species-at-Risk, du 2020-10-01 au 2023-09-30
  • Chaire de recherche et d'innovation l'Oréal en biologie numérique, du 2016-05-16 au 2026-05-15
  • Covid-19 effects on ARTErial StIffness and vascular AgiNg (CARTESIAN) study- Canada, du 2021-06-01 au 2024-05-31
  • Delineation of the epigenomic principles underlying microglial transcriptional and cellular activity in chronic neurodegenerative diseases, du 2020-03-01 au 2025-03-31
  • Dévelooppement d'algorithmes d'interprétation de modèles d'apprentissage profond pour la découverte de biomarqueurs, du 2020-04-01 au 2023-12-31
  • Development of high accuracy models for MICROB-AI, a new generation of diagnosis test for UTI, du 2021-07-01 au 2024-06-30
  • Développement de nouvelles approches immunothérapeutiques dirigées contre des néoantigènes dérivés de gènes de fusion pour le traitement de la leucémie aiguë pédiatrique, du 2022-06-15 au 2025-06-14
  • Développement de nouvelles connaissances sur les cibles biologiques du 2-hexénal en vue de son utilisation comme bioherbicide, du 2023-03-15 au 2026-03-14
  • Développement de solutions diagnostiques pour les troubles neurodéveloppementaux causés par un dysfonctionnement du système Ubiquitine-Protéasome, du 2023-02-01 au 2026-01-31
  • Développement de stratégies d'apprentissage automatisées pour déterminer les phénogroupes, la progression et les issues cliniques de la sténose valvulaire aortique, du 2022-12-06 au 2024-09-30
  • Identifying novel molecular insights from life science massive data, du 2018-04-01 au 2024-03-31
  • Influence de l’environnement leucémique dans le développement d’évènements thrombotiques chez les enfants atteints de leucémie lymphoblastique aigue traités dans l’essai thérapeutique international prospectif DFCI 16-001, du 2023-02-21 au 2024-03-31
  • Leveraging the impact of diversity in neurodevelopmental disability by integrating machine learning in personalized interventions, du 2020-02-01 au 2024-03-31
  • L’AIMZ-938, un nouveau promédicament anticancéreux pour le traitement des cancers du sein humain réfractaires aux traitements actuels et exprimant le cytochrome P450 1A1, du 2021-10-01 au 2026-09-30
  • Nouvelle approche intégrative de génomique du microbiome pour des luzernières plus durables, du 2022-07-01 au 2024-06-30
  • Observatoire international sur les impacts sociétaux de l'intelligence artificielle et du numérique, du 2018-04-01 au 2024-03-31
  • Outil d'intelligence artificielle pour l'identification rapide et précise des bactéries pathogènes chez les animaux et/ou chez l'humain dans le lait et les produits laitiers, du 2021-04-01 au 2024-03-31
  • Outil d'intelligence artificielle pour l'identification rapide et précise des micro-organismes dans le lait, du 2022-03-24 au 2025-04-30
  • Personalized Risk Assesment for Prevention and Early Detection of Breast Cancer : Integration and Implementation (PERSPECTIVE II), du 2017-11-01 au 2024-03-31
  • Personalized ultra-fast detection and treatment of resistant microbial infections, du 2023-03-31 au 2025-03-30
  • Role of megakaryocytes in Systemic Lupus Erythematosus, du 2023-04-01 au 2028-03-31
  • Therapeutic approach to preserve Tfh cells and improve B cell immunity in simian immunodeficiency virus infected rhesus macaques, du 2021-04-01 au 2026-03-31

Projets terminés récemment

  • Calcul Québec, du 2015-04-01 au 2023-03-31
  • Cellular mechanisms regulating the pathogenesis of secondary progressive CNS autoimmunity, du 2018-10-01 au 2023-03-31
  • Computer-Aided Sperm Analysis (CASA) of sperm motility and hyperactivation, du 2021-04-01 au 2022-03-31
  • Development of Comprehensive Cytogenomics and Molecular Genetics Testing Using ans Exome and Low-Pass Whole Genome Sequencing Combined Approach, du 2019-01-01 au 2021-12-31
  • Développement d'approches par apprentissage actif et en budget contraint à partir de données de cardiologie, du 2021-08-01 au 2021-10-29
  • Father's lasting influence: Molecular foundations of intergenerational transmission of the paternal environment, du 2014-11-01 au 2023-03-31
  • Impact of the sperm epigenome on the progeny outcome born by assisted reproductive technology, du 2016-07-01 au 2021-12-31
  • Influence of hyperglycemia on the host-microbiome interactions during subgingival microbiome dysbiosis, du 2020-12-11 au 2023-06-10
  • Nouvelle approche moléculaire pour la détection simultanée des virus pathogènes aux framboisiers et aux fraisiers, du 2019-08-01 au 2023-08-31
  • Predict to prevent: Advanced proteomics profiling for precision medicine, du 2021-03-23 au 2022-09-30
  • Prevention of the immunopathology induced by SARS-CoV-2, du 2021-06-01 au 2022-05-31
  • Une infrastructure IA multi-usagers clé en main pour gérer le cycle de vie complet des données en santé, du 2021-04-01 au 2023-09-01
  • Use of genomics to manage and protect caribou populations, du 2018-04-01 au 2022-12-31
  • Utilisation du séquençage à haut débit pour l’identification d’organismes pathogènes des plantes, du 2019-08-01 au 2023-08-31
Information provenant du registre des projets de recherche de l'Université Laval