Source : Site web du CHU de Québec-Université Laval, catégorie « Actualité », 14 septembre 2015
La flore microbienne vit en symbiose avec le corps humain. Cet écosystème complexe est tellement important pour notre santé qu’il peut être considéré comme un organe essentiel pour l’être humain. Pourtant, on commence à peine à comprendre le fonctionnement de ces populations de microbes bénéfiques qu’on nomme aussi le microbiote humain. Des chercheurs du Centre de recherche en infectiologie de l’Université Laval (dirigés par : Michel G. Bergeron, Maurice Boissinot, Jacques Corbeil, Marc Ouellette, Paul H. Roy et Sylvie Trottier) et de l’Institut national de santé publique du Québec (Marc-Christian Domingo) viennent de publier leurs travaux sur ce sujet dans le journal de la société internationale pour l’écologie microbienne (Frédéric Raymond et 21 autres collaborateurs, The ISME Journal, advance online publication, 11 September, 2015; doi:10.1038/ismej.2015.148), une prestigieuse revue scientifique appartenant au groupe d’édition Nature.
Des volontaires sains, sélectionnés pour leur bon état de santé générale et l’absence d’exposition aux antibiotiques durant les 12 derniers mois au moins ont pris pendant 7 jours, un antibiotique couramment prescrit au Québec. Comme la plus importante partie des microbes qui peuplent notre corps se retrouve dans notre système digestif, les chercheurs ont analysé la composition microbienne d’échantillons de selles prélevés avant et après l’administration de l’antibiotique. L’ADN des espèces de bactéries qui peuplent l’intestin a été extrait à partir de ces échantillons et la séquence des gènes de ces microbes a été déterminée. Les données de séquence d’ADN obtenues représentent près de 1000 milliards de nucléotides et leur analyse a nécessité l’utilisation des super ordinateurs des consortia Calcul Québec et Compute Canada. Le séquençage des gènes du microbiote, permet d’identifier et de quantifier les nombreuses bactéries présentes.
Leur recherche démontre pour la première fois que l’administration d’un antibiotique couramment utilisé et considéré comme ayant un minimum d’effets secondaires perturbe de manière significative le microbiote intestinal humain de volontaires en bonne santé. En effet, l’antibiotique imprime dans le microbiome une signature reproductible qui dépend de l’état initial des microbes de cette microflore. Plus spécifiquement, les chercheurs ont observé la prolifération de bactéries potentiellement pathogènes après le traitement antibiotique chez les participants présentant initialement une plus faible diversité d’espèces microbiennes. Les participants ayant une flore plus diversifiée ne présentaient pas ce genre d’anomalie. Les chercheurs observent aussi que le bassin de gènes de résistance aux antibiotiques est très différent d’un individu à l’autre et que le traitement antibiotique peut faire apparaitre des gènes qui n’étaient pas détectables avant le traitement.
Ces travaux suggèrent qu’il est possible de prédire quels types de flores sont les plus susceptibles d’être perturbées négativement par des médicaments et, par conséquent, de concevoir des approches thérapeutiques respectueuses de l’équilibre de la microflore. Ces nouveaux traitements seraient moins susceptibles de favoriser l’émergence de résistances aux précieux médicaments que sont les antibiotiques.
Ces travaux ont été financés par le Consortium Québecois pour la Découverte de Médicaments (CQDM).
L’article complet est disponible en ligne à http://www.nature.com/ismej/journal/vaop/ncurrent/full/ismej2015148a.html