Équipement

ABI 3730xl

D’une capacité de production quotidienne de plus d’un million de nucléotides, il est très convoité pour les grands projets de séquençage depuis sa mise en marché en 2002 par la compagnie Applied Biosystems. Nous fûmes les premiers au Canada à en faire l’acquisition cette même année. C’est sur cet appareil que tous les projets de séquençage de notre plateforme sont réalisés.

L’appareil est composé de 96 capillaires, d’un système d’électrophorèse, d’un laser et d’une caméra CCD. Les capillaires, d’un diamètre d’environ 250 µm, sont remplis avec un polymère qui sert de tamis moléculaire. Les molécules d’ADN sont introduites à une extrémité des capillaires par électro-injection et migrent ensuite tout au long de ceux-ci sous l’effet d’un très haut voltage (8 500 volts), de façon à les séparer en fonction de leur longueur. Près de l’anode, un rayon laser traverse chaque capillaire afin d’exciter les molécules fluorescentes qui ont été incorporées à l’ADN durant la réaction de séquence. Une caméra CCD recueille l’information émise par les molécules fluorescentes au fur et à mesure que celles-ci passent devant le rayon laser. Comme chacune des quatre bases nucléiques (A, C, G et T) est associée à un fluorochrome particulier, le système peut les distinguer l’une de l’autre selon la longueur d’onde émise. L’appareil est connecté à un ordinateur qui enregistre les signaux en continu et qui en fera ensuite l’analyse lorsque la migration sera complétée. À la suite du «base calling» relatif à chacun des 96 échantillons, des fichiers de données sont créés.

La méthode de séquençage utilisée est celle de Sanger, qui met à profit l’interruption aléatoire du processus d’élongation de l’ADN au moyen des quatre ddNTP marqués par un fluorochrome.

Robots JANUS Automated Workstation

Les JANUS Automated Workstations de Perkin Elmer offrent une multitude de technologie de pipettage réunie sur un même instrument. Il s’agit de robots performants, efficaces et polyvalents. Ils ont été conçus afin d’automatiser la préparation et la manipulation des échantillons. Compatibles avec les tubes, les vials, les plaques de 96 puits ou de 384 puits, ils s’adaptent à tout matériel de laboratoire. Nos trois stations JANUS sont équipées d’une tête Varispan de 8 tips et deux stations comportent aussi une tête 96-Modular Dispense Technology™ (MDT). Ces deux bras sont indépendants l’un de l’autre et se déplacent dans les trois directions cartésiennes X-Y-Z. Les volumes pipetés peuvent être aussi bas que 2 uL et peuvent aller jusqu’à 1 mL. Leur versatilité nous permet d’automatiser nos protocoles et nous assure de leur reproductibilité.