Analyse de l’immunofluorescence

Les images en fluorescence sont obtenues par des microscopes équipés d’un numériseur. Nos algorithmes d’analyse tirent profit de la séparation des signaux enregistrés dans chaque canal de l’image (un signal de fluorescence par canal).

Voici un exemple avec deux canaux de fluorescence : l’étude de l’arrêt de la transcription ARN, au cours du temps, dans des cellules CSB irradiées par des ultra-violets de type C (laboratoire Girish Shah).

14 images de cellules CSB non irradiées (Contrôle) et 22 images de cellules CSB irradiées (UVC) au temps 0 sont analysées manuellement (cellule par cellule) et par un algorithme informatique (toutes les images en série). Les canaux DAPI (en bleu) et GFP (en vert) d’une de ces images apparaissent comme sur l’image de gauche :

DAPI + GFP                                                                             GFP

L’algorithme d’analyse détecte les noyaux cellulaires identifiés par le marquage DAPI et fractionne les agrégats de noyaux. Le résultat de la détection est affiché dans le canal GFP (contours blancs dans l’image de droite). Dans les noyaux détectés, l’algorithme mesure l’intensité moyenne de fluorescence du marquage GFP (valeur indiquée dans chaque noyau). Le bruit de fond GFP est mesuré partout en dehors des noyaux et est utilisé comme correction de l’intensité des noyaux (la valeur des intensités indiquées dans l’image de droite tient compte de la correction du bruit de fond).

Un tableau de résultats est automatiquement produit ainsi qu’un graphique représentant l’intensité de fluorescence et le nombre de noyaux détectés en fonction du temps. Les barres d’erreur sont aussi calculées automatiquement avec les intensités. La mesure par l’algorithme et celle réalisée par un technicien sont illustrées dans le rapport de l’intensité des cellules irradiées et de l’intensité des cellules de contrôle:

L’écart entre ces deux courbes est de 3% seulement. Le tableau ci-dessous présente les différences entre les deux méthodes d’analyse :

36 imagesAnalyse par algorithmeAnalyse manuelle
Durée31 minutes2 jours
Reprise d’analyseAucune contrainteLaborieux
StandardisationOptimaleDifficile
Mesure du bruit de fondToute l’imageÉchantillonnage
Contrôle qualitéL’algorithme montre visuellement ce qu’il détecte pour chaque imageOui
PrécisionOptimale (toutes les images sont traitées de la même façon)Variable
Coût80 $ (analyse de routine pour 1 à 50 images)1-2 jour(s) de salaire/bourse