Arnaud Droit est professeur agrégé au Département de médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l’Université Laval, et chercheur au Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval, où il dirige la plateforme de bio-informatique et de protéomique. Il est aussi membre du bureau de direction du Centre de recherche en données massives (CRDM) de l’Université Laval. Arnaud Droit a fait ses études en biochimie et en bio-informatique à l’Université Toulouse III – Paul Sabatier, et est détenteur d’un doctorat de l’Université Laval. Le programme de recherche d’Arnaud Droit vise à développer de nouvelles approches et méthodes de génomique computationnelle, afin d’analyser efficacement et rigoureusement les données de génomique et de protéomique issues des technologies de nouvelle génération. Il est ainsi à la croisée des chemins entre les sciences biologiques et informatiques.

Depuis 2016, il est titulaire de la Chaire de recherche et d’innovation L’Oréal en biologie numérique, première chaire de recherche en biologie numérique, qui constitue un pôle d’excellence pour le développement de technologies et d’analyses de données multi-omiques massives (qui incluent les différents champs de la biologie se terminant par le suffixe « omique » : génomique, épigénomique, protéomique, métagénomique, etc.).

Le Dr Droit supervise plusieurs projets d’envergure, dont l’objectif est de résoudre les défis liés à la gestion de données massives et d’en extraire des connaissances exploitables pour la communauté des sciences de la vie. Un de ses projets vise à agréger de nombreuses sources de données biologiques, les relier entre elles, découvrir de nouvelles relations, et les rendre disponibles sur internet via des interfaces de visualisations dynamiques. Il est aussi impliqué dans le développement d’outils d’apprentissage machine dédiés à la recherche clinique et aux données multi-omiques, qui pourront aussi s’étendre dans d’autres domaines. D’autres projets couvrent aussi l’analyse de données multi-omiques temporelles, qui requièrent le développement de nouvelles approches, ou encore l’identification de gènes interagissant ensemble par l’intermédiaire de création de réseaux de co-expression.

Finalement, le Dr Droit a établi de nombreuses collaborations internationales qui lui permettent de couvrir plusieurs champs de recherche en biologie, notamment en oncologie, immunologie, et maladies de la peau.

CHUL
2705, boulevard Laurier
R-4789
Québec, Québec
Canada G1V 4G2
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Brotherton MC, Bourassa S, Leprohon P, Legare D, Poirier GG, Droit A, Ouellette M

Proteomic and genomic analyses of antimony resistant Leishmania infantum mutant.

Article de revue

PLoS ONE, 8 (11), p. e81899, 2013.

Résumé | Liens:

Zhang X, Robertson G, Krzywinski M, Ning K, Droit A, Jones S, Gottardo R

PICS: probabilistic inference for ChIP-seq.

Article de revue

Biometrics, 67 (1), p. 151-63, 2011, ISSN: 0006-341X.

Résumé | Liens:

Mercier E, Droit A, Li L, Robertson G, Zhang X, Gottardo R

An integrated pipeline for the genome-wide analysis of transcription factor binding sites from ChIP-Seq.

Article de revue

PLoS ONE, 6 (2), p. e16432, 2011.

Résumé | Liens:

Droit A, Cheung C, Gottardo R

rMAT--an R/Bioconductor package for analyzing ChIP-chip experiments.

Article de revue

Bioinformatics, 26 (5), p. 678-9, 2010, ISSN: 1367-4803.

Résumé | Liens:

Gagne JP, Moreel X, Gagne P, Labelle Y, Droit A, Chevalier-Pare M, Bourassa S, McDonald D, Hendzel MJ, Prigent C, Poirier GG

Proteomic investigation of phosphorylation sites in poly(ADP-ribose) polymerase-1 and poly(ADP-ribose) glycohydrolase.

Article de revue

J Proteome Res, 8 (2), p. 1014-29, 2009, ISSN: 1535-3893.

Résumé | Liens:

Mathivanan S, Ahmed M, Ahn NG, Alexandre H, Amanchy R, Andrews PC, Bader JS, Balgley BM, Bantscheff M, Bennett KL, Bjorling E, Blagoev B, Bose R, Brahmachari SK, Burlingame AS, Bustelo XR, Cagney G, Cantin GT, Cardasis HL, Celis JE, Chaerkady R, Chu F, Cole PA, Costello CE, Cotter RJ, Crockett D, DeLany JP, De Marzo AM, DeSouza LV, Deutsch EW, Dransfield E, Drewes G, Droit A, Dunn MJ, Elenitoba-Johnson K, Ewing RM, Van Eyk J, Faca V, Falkner J, Fang X, Fenselau C, Figeys D, Gagne P, Gelfi C, Gevaert K, Gimble JM, Gnad F, Goel R, Gromov P, Hanash SM, Hancock WS, Harsha HC, Hart G, Hays F, He F, Hebbar P, Helsens K, Hermeking H, Hide W, Hjerno K, Hochstrasser DF, Hofmann O, Horn DM, Hruban RH, Ibarrola N, James P, Jensen ON, Jensen PH, Jung P, Kandasamy K, Kheterpal I, Kikuno RF, Korf U, Korner R, Kuster B, Kwon MS, Lee HJ, Lee YJ, Lefevre M, Lehvaslaiho M, Lescuyer P, Levander F, Lim MS, Lobke C, Loo JA, Mann M, Martens L, Martinez-Heredia J, McComb M, McRedmond J, Mehrle A, Menon R, Miller CA, Mischak H, Mohan SS, Mohmood R, Molina H, Moran MF, Morgan JD, Moritz R, Morzel M, Muddiman DC, Nalli A, Navarro JD, Neubert TA, Ohara O, Oliva R, Omenn GS, Oyama M, Paik YK, Pennington K, Pepperkok R, Periaswamy B, Petricoin EF, Poirier GG, Prasad TS, Purvine SO, Rahiman BA, Ramachandran P, Ramachandra YL, Rice RH, Rick J, Ronnholm RH, Salonen J, Sanchez JC, Sayd T, Seshi B, Shankari K, Sheng SJ, Shetty V, Shivakumar K, Simpson RJ, Sirdeshmukh R, Siu KW, Smith JC, Smith RD, States DJ, Sugano S, Sullivan M, Superti-Furga G, Takatalo M, Thongboonkerd V, Trinidad JC, Uhlen M, Vandekerckhove J, Vasilescu J, Veenstra TD, Vidal-Taboada JM, Vihinen M, Wait R, Wang X, Wiemann S, Wu B, Xu T, Yates JR, Zhong J, Zhou M, Zhu Y, Zurbig P, Pandey A

Human Proteinpedia enables sharing of human protein data.

Article de revue

Nat Biotechnol, 26 (2), p. 164-7, 2008, ISSN: 1087-0156.

| Liens:

Wu FX, Gagne P, Droit A, Poirier GG

Quality assessment of peptide tandem mass spectra.

Article de revue

BMC Bioinformatics, 9 Suppl 6 (Suppl 6), p. S13, 2008.

Résumé | Liens:

Rouleau M, McDonald D, Gagné P, Ouellet ME, Droit A, Hunter JM, Dutertre S, Prigent C, Hendzel MJ, Poirier GG

PARP-3 associates with polycomb group bodies and with components of the DNA damage repair machinery.

Article de revue

J Cell Biochem, 100 (2), p. 385-401, 2007, ISSN: 0730-2312.

Résumé | Liens:

Droit A, Hunter JM, Rouleau M, Ethier C, Picard-Cloutier A, Bourgais D, Poirier GG

PARPs database: a LIMS systems for protein-protein interaction data mining or laboratory information management system.

Article de revue

BMC Bioinformatics, 8 , p. 483, 2007.

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Gagne JP, Ethier C, Gagne P, Mercier G, Bonicalzi ME, Mes-Masson AM, Droit A, Winstall E, Isabelle M, Poirier GG

Comparative proteome analysis of human epithelial ovarian cancer.

Article de revue

Proteome Sci, 5 , p. 16, 2007.

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Projets actifs

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  • Centre de recherche du CHU de Québec - Université Laval, Subvention, Centre hospitalier universitaire de Québec - Université Laval, Centres de recherche affiliés, du 2017-01-01 au 2099-12-31
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  • Centre de recherche sur le cancer, Subvention, Institutionnel - BDR, BDR - Centres de recherche reconnus, du 1996-05-01 au 2022-06-13
  • Chaire de recherche et d'innovation l'Oréal en biologie numérique, Subvention, L'Oréal, Chaires de recherche sans organismes subventionnaires, du 2016-05-16 au 2021-05-15
  • Delineation of the epigenomic principles underlying microglial transcriptional and cellular activity in chronic neurodegenerative diseases, Subvention, Instituts de recherche en santé du Canada, Subvention Projet, du 2020-03-01 au 2021-02-28
  • Development of Comprehensive Cytogenomics and Molecular Genetics Testing Using ans Exome and Low-Pass Whole Genome Sequencing Combined Approach, Partenariat, Génome Canada, Projets de recherche appliquée à grande échelle - Large-Scale Applied Research Project, du 2019-01-01 au 2021-12-31
  • Développement d'un nouvel instrument d'analyse en temps réel pour la chirurgie guidée des cancers, Subvention, Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies, Programme Samuel-De Champlain, du 2019-04-01 au 2021-03-31
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  • Leveraging the impact of diversity in neurodevelopmental disability by integrating machine learning in personalized interventions, Subvention, Instituts de recherche en santé du Canada, Canada-UK Artificial Intelligence Initiative, du 2020-02-01 au 2023-01-31
  • Observatoire international sur les impacts sociétaux de l'intelligence artificielle et du numérique, Subvention, Fonds de recherche du Québec - Société et culture, Appel à propositions : création d’un Observatoire international sur les impacts sociétaux de l’intelligence artificielle et du numérique, du 2018-04-01 au 2024-03-31
  • Personalized Risk Assesment for Prevention and Early Detection of Breast Cancer : Integration and Implementation (PERSPECTIVE II), Subvention, Génome Canada, Projets de recherche appliquée à grande échelle - Large-Scale Applied Research Project, du 2017-11-01 au 2022-03-31
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  • Use of genomics to manage and protect caribou populations, Subvention, Génome Canada, Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG), du 2018-04-01 au 2021-03-31

Projets terminés récemment

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