Arnaud Droit est professeur agrégé au Département de médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l’Université Laval, et chercheur au Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval, où il dirige la plateforme de bio-informatique et de protéomique. Il est aussi membre du bureau de direction du Centre de recherche en données massives (CRDM) de l’Université Laval. Arnaud Droit a fait ses études en biochimie et en bio-informatique à l’Université Toulouse III – Paul Sabatier, et est détenteur d’un doctorat de l’Université Laval. Le programme de recherche d’Arnaud Droit vise à développer de nouvelles approches et méthodes de génomique computationnelle, afin d’analyser efficacement et rigoureusement les données de génomique et de protéomique issues des technologies de nouvelle génération. Il est ainsi à la croisée des chemins entre les sciences biologiques et informatiques.

Depuis 2016, il est titulaire de la Chaire de recherche et d’innovation L’Oréal en biologie numérique, première chaire de recherche en biologie numérique, qui constitue un pôle d’excellence pour le développement de technologies et d’analyses de données multi-omiques massives (qui incluent les différents champs de la biologie se terminant par le suffixe « omique » : génomique, épigénomique, protéomique, métagénomique, etc.).

Le Dr Droit supervise plusieurs projets d’envergure, dont l’objectif est de résoudre les défis liés à la gestion de données massives et d’en extraire des connaissances exploitables pour la communauté des sciences de la vie. Un de ses projets vise à agréger de nombreuses sources de données biologiques, les relier entre elles, découvrir de nouvelles relations, et les rendre disponibles sur internet via des interfaces de visualisations dynamiques. Il est aussi impliqué dans le développement d’outils d’apprentissage machine dédiés à la recherche clinique et aux données multi-omiques, qui pourront aussi s’étendre dans d’autres domaines. D’autres projets couvrent aussi l’analyse de données multi-omiques temporelles, qui requièrent le développement de nouvelles approches, ou encore l’identification de gènes interagissant ensemble par l’intermédiaire de création de réseaux de co-expression.

Finalement, le Dr Droit a établi de nombreuses collaborations internationales qui lui permettent de couvrir plusieurs champs de recherche en biologie, notamment en oncologie, immunologie, et maladies de la peau.

CHUL
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The gut microbiome in konzo.

Article de revue

Nat Commun, 12 (1), 2021.

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Gotti C, Roux-Dalvai F, Joly-Beauparlant C, Mangnier L, Leclercq M, Droit A

Extensive and Accurate Benchmarking of DIA Acquisition Methods and Software Tools Using a Complex Proteomic Standard.

Article de revue

J Proteome Res, 2021.

Résumé | Liens:

Brooks JD, Nabi HH, Andrulis IL, Antoniou AC, Chiquette J, Després P, Devilee P, Dorval M, Droit A, Easton DF, Eisen A, Eloy L, Fienberg S, Goldgar D, Hahnen E, Joly Y, Knoppers BM, Lofters A, Masson JY, Mittmann N, Paquette JS, Pashayan N, Schmutzler R, Stockley T, Tavtigian SV, Walker MJ, Wolfson M, Chiarelli AM, Simard J

Personalized Risk Assessment for Prevention and Early Detection of Breast Cancer: Integration and Implementation (PERSPECTIVE I&I).

Article de revue

J Pers Med, 11 (6), 2021.

Résumé | Liens:

Laflamme N, Lace B, Thonta Setty S, Rioux N, Labrie Y, Droit A, Chrestian N, Rivest S

A Homozygous Deep Intronic Mutation Alters the Splicing of Nebulin Gene in a Patient With Nemaline Myopathy.

Article de revue

Front Neurol, 12 , 2021.

Résumé | Liens:

Picard M, Scott-Boyer MP, Bodein A, Périn O, Droit A

Integration strategies of multi-omics data for machine learning analysis.

Article de revue

Comput Struct Biotechnol J, 19 , 2021.

Résumé | Liens:

Bourgeois R, Bourgault J, Despres AA, Perrot N, Guertin J, Girard A, Mitchell PL, Gotti C, Bourassa S, Scipione CA, Gaudreault N, Boffa MB, Koschinsky ML, Pibarot P, Droit A, Thériault S, Mathieu P, Bossé Y, Arsenault BJ

Lipoprotein Proteomics and Aortic Valve Transcriptomics Identify Biological Pathways Linking Lipoprotein(a) Levels to Aortic Stenosis.

Article de revue

Metabolites, 11 (7), 2021.

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Pal M, Lace B, Labrie Y, Laflamme N, Rioux N, Setty ST, Dugas MA, Gosselin L, Droit A, Chrestian N, Rivest S

A founder mutation in the gene in families from Saguenay-Lac-St-Jean region affected by a pyridoxine-dependent epilepsy.

Article de revue

JIMD Rep, 59 (1), 2021.

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Milanese JS, Tibiche C, Zaman N, Zou J, Han P, Meng Z, Nantel A, Droit A, Wang E

ETumorMetastasis: A Network-based Algorithm Predicts Clinical Outcomes Using Whole-exome Sequencing Data of Cancer Patients.

Article de revue

Genomics Proteomics Bioinformatics, 2021.

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Bourgeois R, Girard A, Perrot N, Guertin J, Mitchell PL, Couture C, Gotti C, Bourassa S, Poggio P, Mass E, Capoulade R, Scipione CA, Despres AA, Couture P, Droit A, Pibarot P, Boffa MB, Theriault S, Koschinsky ML, Mathieu P, Arsenault BJ

A Comparative Analysis of the Lipoprotein(a) and Low-Density Lipoprotein Proteomic Profiles Combining Mass Spectrometry and Mendelian Randomization.

Article de revue

CJC Open, 3 (4), 2021.

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Silveira MA, Tav C, Berube-Simard FA, Cuppens T, Leclercq M, Fournier E, Cote MC, Droit A, Bilodeau S

Modulating HSF1 levels impacts expression of the estrogen receptor α and antiestrogen response.

Article de revue

Life Sci Alliance, 4 (5), 2021.

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Projets actifs

  • Calcul Québec, du 2015-04-01 au 2022-03-31
  • Caractérisation de la structure 3D et de la coloration des perles chez Pinctada sp. par analyse d’image., du 2021-01-01 au 2023-12-31
  • Caribou Genomics : a National Non-Invasive Monitoring Approach for an Iconic and Model Species-at-Risk, du 2020-10-01 au 2023-09-30
  • Cellular mechanisms regulating the pathogenesis of secondary progressive CNS autoimmunity, du 2018-10-01 au 2023-03-31
  • Chaire de recherche et d'innovation l'Oréal en biologie numérique, du 2016-05-16 au 2026-05-15
  • Computer-Aided Sperm Analysis (CASA) of sperm motility and hyperactivation, du 2021-04-01 au 2022-03-31
  • Covid-19 effects on ARTErial StIffness and vascular AgiNg (CARTESIAN) study- Canada, du 2021-06-01 au 2022-05-31
  • Delineation of the epigenomic principles underlying microglial transcriptional and cellular activity in chronic neurodegenerative diseases, du 2020-03-01 au 2025-03-31
  • Dévelooppement d'algorithmes d'interprétation de modèles d'apprentissage profond pour la découverte de biomarqueurs, du 2020-04-01 au 2022-03-31
  • Development of Comprehensive Cytogenomics and Molecular Genetics Testing Using ans Exome and Low-Pass Whole Genome Sequencing Combined Approach, du 2019-01-01 au 2021-12-31
  • Développement d'approches par apprentissage actif et en budget contraint à partir de données de cardiologie, du 2021-08-01 au 2021-10-29
  • Identifying novel molecular insights from life science massive data, du 2018-04-01 au 2023-03-31
  • Impact of the sperm epigenome on the progeny outcome born by assisted reproductive technology, du 2016-07-01 au 2021-12-31
  • Influence of hyperglycemia on the host-microbiome interactions during subgingival microbiome dysbiosis, du 2020-12-11 au 2022-06-10
  • Leveraging the impact of diversity in neurodevelopmental disability by integrating machine learning in personalized interventions, du 2020-02-01 au 2023-01-31
  • Nouvelle approche moléculaire pour la détection simultanée des virus pathogènes aux framboisiers et aux fraisiers, du 2019-08-01 au 2023-08-31
  • Observatoire international sur les impacts sociétaux de l'intelligence artificielle et du numérique, du 2018-04-01 au 2024-03-31
  • Outil d'intelligence artificielle pour l'identification rapide et précise des bactéries pathogènes chez les animaux et/ou chez l'humain dans le lait et les produits laitiers, du 2021-04-01 au 2024-03-31
  • Personalized Risk Assesment for Prevention and Early Detection of Breast Cancer : Integration and Implementation (PERSPECTIVE II), du 2017-11-01 au 2022-03-31
  • Predict to prevent: Advanced proteomics profiling for precision medicine, du 2021-03-23 au 2022-09-30
  • Prevention of the immunopathology induced by SARS-CoV-2, du 2021-06-01 au 2022-05-31
  • Therapeutic approach to preserve Tfh cells and improve B cell immunity in simian immunodeficiency virus infected rhesus macaques, du 2021-04-01 au 2026-03-31
  • Une infrastructure IA multi-usagers clé en main pour gérer le cycle de vie complet des données en santé, du 2021-04-01 au 2021-11-30
  • Use of genomics to manage and protect caribou populations, du 2018-04-01 au 2022-03-31
  • Utilisation du séquençage à haut débit pour l’identification d’organismes pathogènes des plantes, du 2019-08-01 au 2023-08-31

Projets terminés récemment

  • Développement d'un nouvel instrument d'analyse en temps réel pour la chirurgie guidée des cancers, du 2019-04-01 au 2021-03-31
  • Father's lasting influence: Molecular foundations of intergenerational transmission of the paternal environment, du 2014-11-01 au 2021-03-31
  • Frame shift mutation-induced on the microbiome, du 2018-10-01 au 2019-09-30
  • Identification et quantification de biomarqueurs responsables de l'activité biofongicide et bioinsecticide produites par des souches de Bacillus, du 2016-05-10 au 2020-03-31
  • Live viral spectroscopy for rapid Covid-19 detection applied directly to clinical biofluids without sample processing, du 2020-08-01 au 2021-07-31
  • Mise en place d’une application web d’aide à la visualisation et à l’interprétation des analyses de la qualité des sols en culture de pommes de terre, du 2019-05-17 au 2021-05-16
  • Targeting PD-1 and TIGIT pathways for the immunotherapy of bladder cancer, du 2018-11-23 au 2019-11-22
  • Toward nutritional and epigenomic interventions in prostate cancer prevention and management, du 2017-10-01 au 2020-09-30
Information provenant du registre des projets de recherche de l'Université Laval