Nos recherches touchent des aspects variés allant de l’analyse et de la modulation des habitudes de vie (e.g. diète, activité physique etc..) pour la prévention et le contrôle du cancer, au développement de nouvelles approches diagnostiques et pronostiques basées sur la découverte et l’évaluation de différents biomarqueurs capables de prédire l’évolution des cancers ou leur réponse aux traitements de chimiothérapie, radiothérapie ou immunothérapie, la caractérisation d’antigènes tumoraux et le développement de nouvelles approches immunothérapeutiques des cancers urologiques par des méthodes combinant l’immunologie et la biologie moléculaire, et l’analyse de l’efficacité de nouvelles médications ou modalités thérapeutiques dans le cadre d’essais cliniques.

Projet 1 – Immunothérapie du cancer de la vessie

Le cancer de la vessie se présente le plus souvent sous forme de tumeurs de bas stade, n’infiltrant pas la couche de muscle vésical. Faciles à éliminer par résection transurétrale, ces tumeurs récidivent très fréquemment. Le meilleur traitement pour prévenir la récidive et la progression vers des formes plus agressives ou pour guérir certains cancers est l’instillation intra-vésicale du Bacillus Calmette-Guérin (BCG). Bien qu’efficace, le BCG demeure sous-optimal puisqu’il n’agit pas chez tous les patients et a des effets secondaires importants. Son efficacité suggère cependant que le cancer de la vessie est une pathologie idéale pour investiguer l’immunothérapie du cancer suite à la résection de tumeurs, soit dans un contexte de faible charge tumorale. Nous avons des données préliminaires suggérant l’utilisation d’agonistes de TLR (Toll-like receptors) pour complémenter ou remplacer le BCG. Nous avons aussi identifié un antigène tumoral de la famille des antigènes testiculaires fréquemment exprimé dans les cancers de vessie. Cet antigène, appelé MAGE-A9, constitue une cible idéale pour un vaccin thérapeutique. Ce projet a donc trois objectifs soit :

  • L’optimisation de l’immunothérapie intravésicale non-spécifique
  • Le développement d’un vaccin anti-cancer
  • L’intégration de ces deux approches dans un modèle pré-clinique

Projet 2 – Immunothérapie du cancer de la prostate

Le succès récent des vaccins Sipuleucel-T et PROSTVAC-VF contre le cancer de la prostate a démontré que l’immunothérapie peut avoir un impact clinique réel dans ce type de cancer. De plus, l’évolution des connaissances des mécanismes régulant la réponse immune anti-tumorale et des paramètres permettant de l’optimiser facilite aujourd’hui le design de traitements efficaces par immunothérapie. Le Dr Pouliot, de notre groupe a récemment développé un vecteur adénoviral non réplicatif incluant un promoteur spécifique au cancer de la prostate, actif dans plus de 95% des cancers. L’hypothèse derrière ce projet est donc que ce vecteur pourrait servir à introduire dans les cellules cancéreuses de prostate des patients des constructions géniques les rendant plus immunogéniques, par expression d’antigènes et production de cytokines, afin de stimuler une réponse immune efficace. L’objectif de ce projet est de tester cette hypothèse en utilisant un modèle murin de cancer de la prostate, le modèle TRAMP, en deux étapes :

  • Production d’adénovirus encodant antigènes et cytokines et vérification de leur effet sur l’immunogénicité des cellules TRAMP-C2
  • Analyse du potentiel thérapeutique des adénovirus sur la croissance des tumeurs TRAMP-C2

Projet 3 – Étude de la relation entre habitudes de vie, biomarqueurs et risque de cancer de la prostate

Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquent chez l’homme et représente un enjeu majeur pour la santé des hommes. Il est de plus en plus reconnu que certaines habitudes de vie pourraient avoir un impact important sur le développement et la progression du cancer de la prostate. Les hommes référés pour un examen de biopsies prostatiques et recevant un diagnostic négatif demeurent plus à risque de développer un cancer que la population générale. L’identification de biomarqueurs reliés aux habitudes de vie chez ces hommes pourrait être utile pour aider à déterminer le risque d’avoir un cancer de la prostate. Ces biomarqueurs pourraient aussi être utilisés pour monitorer des interventions de prévention du cancer de la prostate. L’objectif principal de ce projet est d’évaluer l’association entre 5 marqueurs candidats potentiellement modulables par la diète et l’activité physique, et le risque du cancer de la prostate à deux ans suivant une première biopsie négative de la prostate. Cette étude est réalisée en collaboration avec des chercheurs du CHU de Sherbrooke, du CHU de Montréal et du centre universitaire de santé McGill.

Projet 4 – Profil immunologique des cancers de vessie pour une approche thérapeutique personnalisée

Les cancers superficiels de la vessie récidivent fréquemment et dans 10-15% des patients qui récidivent, il y a progression vers la forme invasive et plus agressive du cancer, avec un risque de décès à 5 ans d’environ 50%. L’évaluation du risque de récidive ou de progression est présentement basée sur les caractéristiques histopathologiques des cancers, pour choisir le traitement approprié. Il est essentiel de détecter tôt les tumeurs à risque de progresser afin de les traiter adéquatement. La valeur pronostique des infiltrats de cellules immunes dans les tumeurs est de plus en plus reconnue. Dans le cancer du côlon, la caractérisation de l’infiltrat lymphocytaire prédit plus efficacement l’évolution des cancers que les méthodes standards. Nous avons montré que l’infiltration de macrophages et de cellules dendritiques dans des cancers superficiels de vessie avait une valeur pronostique. Nous poursuivons l’étude de ce phénomène selon deux axes soit :

  • L’identification d’un profil de cellules immunes infiltrant des tumeurs superficielles de la vessie, associé à la progression
  • La caractérisation d’un profil d’expression de gènes associés à la réponse immune pour compléter un profil immun pronostique
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The Immune Landscape of Cancer.

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Immunity, 48 (4), p. 812-830.e14, 2018, ISSN: 1074-7613.

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Liu Y, Sethi NS, Hinoue T, Schneider BG, Cherniack AD, Sanchez-Vega F, Seoane JA, Farshidfar F, Bowlby R, Islam M, Kim J, Chatila W, Akbani R, Kanchi RS, Rabkin CS, Willis JE, Wang KK, McCall SJ, Mishra L, Ojesina AI, Bullman S, Pedamallu CS, Lazar AJ, Sakai R, Cancer Genome Atlas Research Network, Thorsson V, Bass AJ, Laird PW

Comparative Molecular Analysis of Gastrointestinal Adenocarcinomas.

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Cancer Cell, 33 (4), p. 721-735.e8, 2018, ISSN: 1535-6108.

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Wang Z, Yang B, Zhang M, Guo W, Wu Z, Wang Y, Jia L, Li S, Cancer Genome Atlas Research Network, Xie W, Yang D

lncRNA Epigenetic Landscape Analysis Identifies EPIC1 as an Oncogenic lncRNA that Interacts with MYC and Promotes Cell-Cycle Progression in Cancer.

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Cancer Cell, 33 (4), p. 706-720.e9, 2018, ISSN: 1535-6108.

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Berger AC, Korkut A, Kanchi RS, Hegde AM, Lenoir W, Liu W, Liu Y, Fan H, Shen H, Ravikumar V, Rao A, Schultz A, Li X, Sumazin P, Williams C, Mestdagh P, Gunaratne PH, Yau C, Bowlby R, Robertson AG, Tiezzi DG, Wang C, Cherniack AD, Godwin AK, Kuderer NM, Rader JS, Zuna RE, Sood AK, Lazar AJ, Ojesina AI, Adebamowo C, Adebamowo SN, Baggerly KA, Chen TW, Chiu HS, Lefever S, Liu L, MacKenzie K, Orsulic S, Roszik J, Shelley CS, Song Q, Vellano CP, Wentzensen N, Cancer Genome Atlas Research Network, Weinstein JN, Mills GB, Levine DA, Akbani R

A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers.

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Cancer Cell, 33 (4), p. 690-705.e9, 2018, ISSN: 1535-6108.

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Taylor AM, Shih J, Ha G, Gao GF, Zhang X, Berger AC, Schumacher SE, Wang C, Hu H, Liu J, Lazar AJ, Cancer Genome Atlas Research Network, Cherniack AD, Beroukhim R, Meyerson M

Genomic and Functional Approaches to Understanding Cancer Aneuploidy.

Article de revue

Cancer Cell, 33 (4), p. 676-689.e3, 2018, ISSN: 1535-6108.

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Liu J, Lichtenberg T, Hoadley KA, Poisson LM, Lazar AJ, Cherniack AD, Kovatich AJ, Benz CC, Levine DA, Lee AV, Omberg L, Wolf DM, Shriver CD, Thorsson V, Cancer Genome Atlas Research Network, Hu H

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics.

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Cell, 173 (2), p. 400-416.e11, 2018, ISSN: 0092-8674.

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Chen H, Li C, Peng X, Zhou Z, Weinstein JN, Cancer Genome Atlas Research Network, Liang H

A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples.

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Cell, 173 (2), p. 386-399.e12, 2018, ISSN: 0092-8674.

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Bailey MH, Tokheim C, Porta-Pardo E, Sengupta S, Bertrand D, Weerasinghe A, Colaprico A, Wendl MC, Kim J, Reardon B, Ng PK, Jeong KJ, Cao S, Wang Z, Gao J, Gao Q, Wang F, Liu EM, Mularoni L, Rubio-Perez C, Nagarajan N, Cortes-Ciriano I, Zhou DC, Liang WW, Hess JM, Yellapantula VD, Tamborero D, Gonzalez-Perez A, Suphavilai C, Ko JY, Khurana E, Park PJ, Van Allen EM, Liang H, MC3 Working Group, Cancer Genome Atlas Research Network, Lawrence MS, Godzik A, Lopez-Bigas N, Stuart J, Wheeler D, Getz G, Chen K, Lazar AJ, Mills GB, Karchin R, Ding L

Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations.

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Cell, 173 (2), p. 371-385.e18, 2018, ISSN: 0092-8674.

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Huang KL, Mashl RJ, Wu Y, Ritter DI, Wang J, Oh C, Paczkowska M, Reynolds S, Wyczalkowski MA, Oak N, Scott AD, Krassowski M, Cherniack AD, Houlahan KE, Jayasinghe R, Wang LB, Zhou DC, Liu D, Cao S, Kim YW, Koire A, McMichael JF, Hucthagowder V, Kim TB, Hahn A, Wang C, McLellan MD, Al-Mulla F, Johnson KJ, Cancer Genome Atlas Research Network, Lichtarge O, Boutros PC, Raphael B, Lazar AJ, Zhang W, Wendl MC, Govindan R, Jain S, Wheeler D, Kulkarni S, Dipersio JF, Reimand J, Meric-Bernstam F, Chen K, Shmulevich I, Plon SE, Chen F, Ding L

Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers.

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Malta TM, Sokolov A, Gentles AJ, Burzykowski T, Poisson L, Weinstein JN, Kaminska B, Huelsken J, Omberg L, Gevaert O, Colaprico A, Czerwinska P, Mazurek S, Mishra L, Heyn H, Krasnitz A, Godwin AK, Lazar AJ, Cancer Genome Atlas Research Network, Stuart JM, Hoadley KA, Laird PW, Noushmehr H, Wiznerowicz M

Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation.

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Cell, 173 (2), p. 338-354.e15, 2018, ISSN: 0092-8674.

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