La plateforme d’expression génique du Centre de recherche du CHU de Québec (CHUL) dirigée par le Dr André Tchernof offre à l’ensemble de la communauté scientifique académique et privée un service personnalisé de haute qualité de quantification génique et d’analyse de variations génomiques par Biopuces (Affymetrix® GeneChip®) et par RT-qPCR (LightCycler®480, Roche Applied Science).

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DE RECHERCHE
DU CHU DE QUÉBEC

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COORDONNÉES

Plateforme d’Expression Génique: Biopuces et RT-qPCR
Centre de Génomique du Centre de recherche du CHU de Québec (CHUL)
2705, Boul. Laurier local TR-72,
Québec (QC) G1V 4G2, Canada

Tél: 418-654-2296
       418-525-4444 # 49304
Fax: 418-654-2298

Équipe

Directeur

Dr André Tchernof
andre.tchernof@crchul.ulaval.ca

Professionnelles de recherche

Responsable service de Biopuces
Annick Ouellet
annick.ouellet@crchul.ulaval.ca

Responsable service RT-qPCR
Nathalie Paquet
nathalie.paquet@crchul.ulaval.ca

Technicienne de laboratoire

Judith Marcoux
judith.marcoux@crchuq.ulaval.ca

Conseillers scientifiques

Service de Biopuces
Dr Ézéquiel Calvo
ezequiel.calvo@crchul.ulaval.ca

Service de RT-qPCR
Dr Van Luu-The
van.luu-the@crchul.ulaval.ca

Fondée par le Dr Fernand Labrie sous la supervision du Dr Ézéquiel Calvo et du Dr Van Luu-The, la plateforme a été établie grâce au support d’organismes tels Génome Québec, Génome Canada et la Fédération canadienne pour l’Innovation (FCI). Forts d’une expérience de plus de 12 ans, nous avons acquis un savoir-faire et une expertise dans la quantification et l’analyse de l’expression génique.

L'objectif principal de la plateforme est d'offrir un service personnalisé de haute qualité axé sur le développement et l'optimisation afin de livrer des résultats d'une grande fiabilité et de répondre aux besoins des chercheurs.

Nous sommes dans une position unique sur le marché, notre plateforme étant polyvalente et universellement acceptée par la communauté scientifique. L’utilisation d’appareils de dernière génération et de contrôle de qualité systématique à chaque étape de la production assure une qualité optimale des résultats.

À ce jour, plus de 10 000 biopuces et plus de 100 000 quantifications par RT-qPCR provenant d'une soixantaine de clients différents ont été traités avec compétence et efficacité par notre plateforme. Avec une capacité de production de plus de 300 biopuces par mois et de 1500 réactions de RT-qPCR par jour, nous sommes en mesure de répondre à toutes les demandes de services, de faible à haut débit à un coût très raisonnable.

Les biopuces d’Affymetrix® sont actuellement reconnues pour avoir la meilleure reproductibilité parmi les différents systèmes existants. Ce type de plateforme, du point de vue technique, est arrivé à maturité et est en mesure d'offrir la dernière génération de biopuces. Les procédures de production, extraction et analyse des données utilisées sont devenues un standard dans la communauté scientifique. La plateforme est équipée de deux systèmes complets de développement dont chacun possède un scanner à haute résolution. Les dernières générations de biopuces nous donnent la capacité de fournir des tableaux d’expression, SNP, CNVs, régulation épigénétique, ainsi que la possibilité d’utiliser de nouvelles puces appliquées à la médecine personnalisée (analyse des marqueurs du métabolisme de médicaments (DMET Plus Solution)). Parmi les plus populaires, les biopuces d’expression d’ARNm et de miRNAs sont devenues d’une utilité courante de validation et de découverte. Elles permettent d’accéder facilement à une vision globale des changements génomiques, ainsi qu’aux nouvelles interactions entre expression génique et régulation par microARN: Les biopuces GeneChip® Gene 2.0 ST permettent la détection de changements dans l’expression génique pour >30,000 transcrits codants (ARNm), 5000 transcrits non-codants et pour >11,000 longs transcrits intergéniques non-codants (lincRNA). Les biopuces GeneChip® miRNA 3.0 contiennent plus de 19.000 miRNA matures pour 153 organismes différents (100% de miRBase v17), ainsi que des pre-miRNA, snoRNA et scaRNAs. Elles détectent simultanément les pré-miRNA et miRNA matures, permettant de mettre en contexte le rôle des petits ARN non-codants dans la régulation des ARNm. Le service est complet : de l’extraction de l’ARN au traitement et à l’analyse personnalisée de grande qualité des données.

Le service de RT-qPCR est basé sur les appareils LightCycler®480 de la compagnie Roche Diagnostics. Ces systèmes détectent et quantifient les acides nucléiques avec un haut niveau de sensibilité, de précision et de reproductibilité. Le service est complet; de l’extraction d’ARN au traitement des données de RT-qPCR. Les principales applications sont la conception d’amorces spécifiques qui permet de réduire le temps d’optimisation, la quantification du niveau d’expression des ARNm et de miRNA, la détermination du nombre de copies d’un transgène ou KO (+/+, +/-, -/-) ou CNV et finalement, la détection et l’analyse de variations génétiques dans l’ADN génomique (SNPs, mutations, délétion/insertion) par High Resolution Melting (HRM).