Dr. Jacques Corbeil focuses on using the latest techniques in bioinformatics and machine learning to assist and facilitate the processes of diagnosis and prognosis determination and to optimize response to treatment. Modern genomic techniques generate a deluge of data that needs to be interpreted using novel bioinformatic approaches. Dr. Corbeil uses state-of-the-art instrumentation and big data analytics to facilitate the interpretation of complex phenotypic data. His research includes investigating how infectious microorganisms interact with their hosts, examining the effects of antibiotics on our microbial flora, exploring how to design small molecules and drugs to interfere with specific microbial functions and integrating omic data in cancer research. Dr. Corbeil operates at the interface of computer and omic sciences.

Dr. Corbeil completed his undergraduate work at Laval University. He obtained his Ph.D. from the University of New South Wales, Sydney, Australia, and received postdoctoral training at the University of California San Diego; continuing on as a faculty member and rising to the rank of Associate Professor until his return to Canada as holder of the Tier 1 Canada Research Chair in Medical Genomics.

CHUL
2705, boulevard Laurier
RC-709
Québec, Québec
Canada G1V 4G2
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Lemay ML, Maass S, Otto A, Hamel J, Plante PL, Rousseau GM, Tremblay DM, Shi R, Corbeil J, Gagne SM, Becher D, Moineau S

A Lactococcal Phage Protein Promotes Viral Propagation and Alters the Host Proteomic Response During Infection.

Journal Article

Viruses, 12 (8), 2020, ISSN: 1999-4915.

Abstract | Links:

Kothari C, Osseni MA, Agbo L, Ouellette G, Deraspe M, Laviolette F, Corbeil J, Lambert JP, Diorio C, Durocher F

Machine learning analysis identifies genes differentiating triple negative breast cancers.

Journal Article

Sci Rep, 10 (1), pp. 10464, 2020, ISSN: 2045-2322.

Abstract | Links:

Nsio J, Kapetshi J, Makiala S, Raymond F, Tshapenda G, Boucher N, Corbeil J, Okitandjate A, Mbuyi G, Kiyele M, Mondonge V, Kikoo MJ, Van Herp M, Barboza P, Petrucci R, Benedetti G, Formenty P, Muyembe Muzinga B, Ilunga Kalenga O, Ahuka S, Fausther-Bovendo H, Ilunga BK, Kobinger GP, Muyembe JT

2017 Outbreak of Ebola Virus Disease in Northern Democratic Republic of Congo.

Journal Article

J Infect Dis, 221 (5), pp. 701-706, 2020, ISSN: 0022-1899.

Abstract | Links:

Perkins V, Vignola S, Lessard MH, Plante PL, Corbeil J, Dugat-Bony E, Frenette M, Labrie S

Phenotypic and Genetic Characterization of the Cheese Ripening Yeast Geotrichum candidum.

Journal Article

Front Microbiol, 11 , pp. 737, 2020, ISSN: 1664-302X.

Abstract | Links:

Brochu F, Plante PL, Drouin A, Gagnon D, Richard D, Durocher F, Diorio C, Marchand M, Corbeil J, Laviolette F

Mass spectra alignment using virtual lock-masses.

Journal Article

Sci Rep, 9 (1), pp. 8469, 2019, ISSN: 2045-2322.

Abstract | Links:

Plante PL, Francovic-Fontaine E, May JC, McLean JA, Baker ES, Laviolette F, Marchand M, Corbeil J

Predicting Ion Mobility Collision Cross-Sections Using a Deep Neural Network: DeepCCS.

Journal Article

Anal Chem, 91 (8), pp. 5191-5199, 2019, ISSN: 0003-2700.

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Raymond F, Boissinot M, Ouameur AA, Deraspe M, Plante PL, Kpanou SR, Berube E, Huletsky A, Roy PH, Ouellette M, Bergeron MG, Corbeil J

Culture-enriched human gut microbiomes reveal core and accessory resistance genes.

Journal Article

Microbiome, 7 (1), pp. 56, 2019, ISSN: 2049-2618.

Abstract | Links:

Drouin A, Letarte G, Raymond F, Marchand M, Corbeil J, Laviolette F

Interpretable genotype-to-phenotype classifiers with performance guarantees.

Journal Article

Sci Rep, 9 (1), pp. 4071, 2019, ISSN: 2045-2322.

Abstract | Links:

Kong LY, Eyre DW, Corbeil J, Raymond F, Walker AS, Wilcox MH, Crook DW, Michaud S, Toye B, Frost E, Dendukuri N, Schiller I, Bourgault AM, Dascal A, Oughton M, Longtin Y, Poirier L, Brassard P, Turgeon N, Gilca R, Loo VG

Clostridium difficile: Investigating Transmission Patterns Between Infected and Colonized Patients Using Whole Genome Sequencing.

Journal Article

Clin Infect Dis, 68 (2), pp. 204-209, 2019, ISSN: 1058-4838.

Abstract | Links:

Ngazoa-Kakou S, Shao Y, Rousseau GM, Addablah AA, Tremblay DM, Hutinet G, Lemire N, Plante PL, Corbeil J, Koudou A, Soro BK, Coulibaly DN, Aoussi S, Dosso M, Moineau S

Complete Genome Sequence of Escherichia coli Siphophage BRET.

Journal Article

Microbiol Resour Announc, 8 (5), 2019, ISSN: 2576-098X.

Abstract | Links:

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Active projects

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  • Antimicrobial resistance genes in bioaerosols in Canadian arctic, rural, and urban environments: sources, profiles, transport and fate, Subvention, Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Frontières de la découverte : Résistance aux antimicrobiens dans l'environnement, from 2019-12-01 to 2023-11-30
  • Calcul Québec, Subvention, Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies, Regroupements stratégiques NT, from 2015-04-01 to 2021-03-31
  • Centre de recherche du CHU de Québec - Université Laval, Subvention, Centre hospitalier universitaire de Québec - Université Laval, Centres de recherche affiliés, from 2017-01-01 to 2099-12-31
  • Centre de recherche en données massives, Subvention, Institutionnel - BDR, BDR - Centres de recherche reconnus, from 2016-06-07 to 2021-06-06
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  • Chaire de recherche du Canada en Medical genomics, Subvention, Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements, Chaires de recherche du Canada - Fonctionnement, from 2018-01-01 to 2024-12-31
  • Deciphering breast cancer HER2-negativity with regard to HER2-targeted therapy, Subvention, Instituts de recherche en santé du Canada, Volet Projet: Concours pilotes, from 2016-07-01 to 2021-03-31
  • Déterminer la qualité de la polypharmacie chez les aînés : une approche basée sur l’intelligence artificielle, Subvention, Instituts de recherche en santé du Canada, Subvention de fonctionnement : Projets de recherche concertée sur la santé (avec le CRSNG), from 2020-04-01 to 2023-03-31
  • Développement d'une technologie de contrôle de la qualité des plantes en cours du procédé manufacturier de médicaments en utilisant la spectrométrie de masse à haut débit couplée à des approches en apprentissage automatique , Subvention, Consortium québécois sur la découverte du médicament, Concours FOCUS, from 2020-03-19 to 2023-03-31
  • La plateforme bio-environnementale EcoChip: Prototypage d'une preuve de concept robuste, Subvention, Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements, Sentinelle Nord - Fonds de maturation, from 2020-03-01 to 2021-06-01
  • MAchine learning for diGItal diagnosTICS of antimicrobial resistance, Subvention, Instituts de recherche en santé du Canada, Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance JPIAMR, from 2019-10-01 to 2022-09-30
  • Nutrition, santé et société (NUTRISS), Subvention, Fonds de recherche du Québec - Santé, Nouveaux Centres et Instituts de recherche - Subventions régulières, from 2019-04-01 to 2024-03-31
  • Observatoire international sur les impacts sociétaux de l'intelligence artificielle et du numérique, Subvention, Fonds de recherche du Québec - Société et culture, Appel à propositions : création d’un Observatoire international sur les impacts sociétaux de l’intelligence artificielle et du numérique, from 2018-04-01 to 2024-03-31
  • Prédire l'évolution de l'hépatite C par la fédération de données et l'intelligence artificielle : enjeux éthiques, juridiques, sociaux et de vie privée, Subvention, Instituts de recherche en santé du Canada, Subvention Projet, from 2019-04-01 to 2022-03-31

Recently finished projects

  • 3.2 Comprehensive environmental monitoring and valorisation: From molecules to microorganisms, Subvention, Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements, Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada, from 2016-04-01 to 2020-03-31
  • Canada Research Chair in Medical genomics, Partenariat, Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements, Fonds des leaders John-R.-Evans - CRC (anciennement : Chaires de recherche du Canada - infrastructure et Fonds des leaders - Volet 2), from 2018-08-01 to 2019-12-31
  • Centre de recherche en arthrite de l'Université Laval, Subvention, Institutionnel - BDR, BDR - Entités de recherche en émergence, from 2019-01-01 to 2020-01-31
  • Chantier thématique 3: Microbiosmes: Sentinelles de l'environnement et de la santé dans le Nord / 3.0 Budget de coordination du Chantier thématique 3, Subvention, Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements, Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada, from 2016-04-01 to 2020-03-31
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